Whey Protein (RPS Nutrition) 500 г (спортивное питание, протеин, ксб, wpc, вей, рпс, белок)
=========================================
МИНИ-АУКЦИОН СПОРТИВНОЕ ПИТАНИЕ
Телефон для справок +79632581777, 224-85-95
Самовывоз ул. Комарова 6 с 10.00 до 20.00
Бесплатная доставка по городу от 2000руб
=========================================
Ещё больше белка Whey Protein от Russian Performance Standard — это самый вкусный протеин в Вашей жизни!
RPS Whey Protein является сложносоставным белком, который очень часто используется бодибилдерами. Прием препарата осуществляется на ночь. Данное средство насыщено аминокислотами, которые положительно влияют не только на рост объема мышц, но и на их структуру. Протеин является абсолютно безопасным препаратом, который можно применять любому желающему. RPS Whey Protein, отзывы о котором только положительные, позволяет достичь максимально плотной структуры мышц.
В разработке рецептуры принимала участие Зинаида Руденко — чемпионка по фитнес-бикини и пищевой технолог. Изготовлено под контролем Зины Руденко!
— Превосходный вкус
— Не содержит добавленного сахара
— Обогащен L-Глютамином
— Идеальная растворимость
— Высокая усвояемость
Вкус — Ваниль
Белки — 20,4 г
Углеводы — 3 г
Сахариды — 1,9 г
Жиры — 1,7 г
Клетчатка — 1,8 г
Калорийность — 116 ккал
Состав: функциональная смесь белков (концентрат сывороточного белка и изолят сывороточного белка), какао-порошок алкализоанный (для вкусов Двойной Шоколад, Мокачино), L-глютамин, растворимый порошкообразный кофе (для вкусов Капучино, Мокачино), смесь стабилизаторов и загустителей (ксантановая камедь, гуаровая камедь, микрокристаллическая целлюлоза, каррагинан), соль поваренная пищевая, регулятор кислотности трифосфат натрия, подсластитель сукралоза, ароматизаторы идентичные натуральным (Ванилин, Молоко, Шоколад, Клубника), корица молотая (для вкусов Капучино, Мокачино)
Рекомендации по применению
Смешайте 3 мерные ложки продукта с 650 – 1000 мл воды или обезжиренного молока. Принимайте 3 раза в день. Утром – во время завтрака, после физических нагрузок и за 2 – 3 часа перед сном. В дни отдыха принимайте 1-3 раза в день – утром, перед сном и в перерывах между приемами пищи.
Калорийность Протеин РПС-нутришн. Химический состав и пищевая ценность.
Химический состав и анализ пищевой ценности
Пищевая ценность и химический состав
«Протеин РПС-нутришн».В таблице приведено содержание пищевых веществ (калорийности, белков, жиров, углеводов, витаминов и минералов) на 100 грамм съедобной части.
| Нутриент | Количество | Норма** | % от нормы в 100 г | % от нормы в 100 ккал | 100% нормы |
| Калорийность | 386 кКал | 1684 кКал | 22.9% | 5.9% | 436 г |
| Белки | 70 г | 92.1% | 23.9% | 109 г | |
| Жиры | 5 г | 56 г | 8.9% | 2.3% | 1120 г |
| Углеводы | 10 г | 219 г | 4.6% | 1.2% | 2190 г |
Энергетическая ценность Протеин РПС-нутришн составляет 386 кКал.
Основной источник: Создан в приложении пользователем. Подробнее.
** В данной таблице указаны средние нормы витаминов и минералов для взрослого человека. Если вы хотите узнать нормы с учетом вашего пола, возраста и других факторов, тогда воспользуйтесь приложением «Мой здоровый рацион».
RPS Nutrition Soy (500 гр.)
Идеальный источник растительного белка!
Soy Protein RPS Nutrition — (Соевый протеин РПС): соевый белок для ускоренного восстановления.
Рост мышц возможен лишь при наличии положительного азотистого баланса. То есть, количество поступившего в организм белка должно преобладать над количеством распавшегося вследствие катаболических процессов. В условиях повышенного расхода энергоресурсов компенсировать затраты белка приемом обычно пищи затруднительно. Большинство спортсменов выходят из ситуации тем, что дополнительно добавляют в свой рацион протеиновые смеси. Soy Protein RPS (Russian Performance Standard) — один из лучших соевых белков из доступных на рынке. Продукт имеет богатый аминокислотный состав, а значит — организм получит необходимую базу для мышечной гипертрофии.
Преимущества Soy Protein RPS Nutrition:
- Поддержание положительного азотистого баланса.
- Обеспечение организма аминокислотами на протяжении длительного времени.
- Подавление катаболических процессов.
- Ускорение восстановления.
- Прирост силовых показателей.
Особенности состава Soy Protein RPS Nutrition:
- Более 20 гр. высококачественного соевого изолята.
- Скорость абсорбции белка — 4 гр./ч.
- Способствует снижению уровня холестерина.
- Идеально подходит для женщин.
Как принимать Soy Protein RPS (Russian Perfomance Standard)
Рекомендации по применению:
Смешайте 3 мерные ложки (30 грамм) Soy Protein RPS с 200-300 мл холодной воды или молока, в зависимости от вкусовых предпочтений.
Размер порции: 3 мерные ложки — 30 г
Порций в упаковке: 17
Содержание питательных веществ в порции:
| Ваниль | Двойной шоколад | Клубника | |
| Килокалории | 96 ккал | 92 ккал | 94 ккал |
| Всего белков | 23,7 г | 20,9 г | 23,1 г |
| Всего углеводов | 0,1 г | 0,5 г | 0,1 |
| -Сахара | 0 г | 0,1 г | 0 г |
| Всего жиров | 0,1 г | 0,1 г | 0,1 |
Ингредиенты:
Высококачественный изолят соевого белка (изготовлен из НЕ генетически модифицированных соевых бобов), какао-порошок алкализованный (для вкусов Двойной шоколад), смесь загустителей (ксантановая камедь, гуаровая камедь), эмульгатор микрокристаллическая целлюлоза, соль поваренная пищевая, подсластитель сукралоза, натуральные ароматизаторы (Ванилин, Клубника), краситель пищевой натуральный кармин (для вкуса Клубника), корица молотая (для вкуса Двойной шоколад)
каталог зерновое оборудование
%PDF-1.6 % 1 0 obj >]/Pages 3 0 R/Type/Catalog>> endobj 2 0 obj >stream application/pdf
} {PPS
} {PPSМагазин не будет работать корректно, если куки отключены.
Похоже, в вашем браузере отключен JavaScript. Для наилучшего взаимодействия с нашим сайтом обязательно включите Javascript в своем браузере.
PPS — это раствор для осаждения белков, используемый в сочетании с лизирующим буфером CLS-VF для гомогенизации растительной ткани с целью последующей экстракции и очистки нуклеиновых кислот.
Примечания по применению
PPS является составной частью FastDNA® SPIN Kit for Soil.
Заявление об использовании
Если не указано иное, продукты MP Biomedical предназначены только для исследований или дальнейшего производственного использования, а не для прямого использования человеком. Для получения дополнительной информации, пожалуйста, свяжитесь с нашим отделом обслуживания клиентов.
Ключевые приложения
Раствор для осаждения белков для отделения белков от лизата во время экстракции нуклеиновой кислотой
Паспорт безопасности материала
Паспорт безопасности материала
en_AU
Паспорт безопасности материала
en_CA
Паспорт безопасности материала
fr_CA
Паспорт безопасности материала
cn_ZH
Паспорт безопасности материала
de_DE
Паспорт безопасности материала
es_ES
Паспорт безопасности материала
en_EU
Паспорт безопасности материала
fi_FI
Паспорт безопасности материала
fr_FR
Паспорт безопасности материала
en_GB
Паспорт безопасности материала
ja_JP
Паспорт безопасности материала
es_MX
Паспорт безопасности материала
№_NO
Паспорт безопасности материала
pt_PT
Паспорт безопасности материала
sv_SE
Паспорт безопасности материала
ru_US
| Артикул | 116540403 |
| Альтернативные имена | Раствор белкового осадка |
| Примечания по применению | PPS является составной частью FastDNA® SPIN Kit for Soil. |
| Базовый каталожный номер | 6540403 |
| Температура кипения | 100 ° C (212 ° F) (лит.) |
| Плотность | 0,8844 г / см³ (7,38 фунта / галлон) при 20 ° C (68 ° F) (лит.) |
| Модели инструментов FastPrep | Все адаптеры FastPrep |
| Размер упаковки | 25 мл |
| Средства индивидуальной защиты | Средства индивидуальной защиты: при работе с биологическими, токсичными, опасными или инфекционными образцами; Защита рук: перчатки из латекса, нитрила или другого пластика.Защита кожи и тела: Labcoat и рукава. Защита глаз: Защитные очки с боковыми щитками. Гигиенические меры: Обращаться в соответствии с правилами промышленной гигиены и техники безопасности. |
| pH | 6,18 |
| Тип образца | Семена, споры, ткани животных, грибы, растения, корни |
| Объем пробы | до 500 мг на препарат |
| Заявление об использовании | Если не указано иное, продукты MP Biomedical предназначены только для исследований или дальнейшего производственного использования, а не для прямого использования человеком.Для получения дополнительной информации, пожалуйста, свяжитесь с нашим отделом обслуживания клиентов. |
| Давление пара | 23 гПа (17 мм рт. Ст.) При 20 ° C (68 ° F) (лит.) |
Top 20 самых распространенных белков, обнаруженных в pPS и неочищенной плазме 20 как …
Контекст 1
… и липидомный профиль препарата нативного легочного сурфактанта свиньи. Путем сравнения 20 самых распространенных белков в сырой плазме и pPS (таблица 1), рисунок 1.Сравнение белков, обнаруженных в неочищенной плазме 20 и нативном поверхностно-активном веществе (pPS), посредством их совокупного относительного количества на аннотации онтологии гена (GO slim, STRAP 1.5). …
Контекст 2
… сравнение относительного липидного состава в короне PLGA- и липид-NP не выявило значительных изменений, что указывает на очень похожую липидную корону. По сравнению с PEG-NP, холестерин был немного повышен в короне PLGA- и Lipid-NP (оба на 1.1%, см. Вспомогательную информацию, таблица S1), в то время как GPIno (34: 1) был увеличен на 1,3% для PLGA-NP; остальные изменения составили менее 0,1% и не считаются значимыми. 10 самых распространенных видов липидов (вспомогательная информация, таблица S1) далее показали, что около 90% короны НЧ состоит только из десяти липидов, и их анализ можно рассматривать как достаточно точный для будущих исследований взаимодействия. …
Контекст 3
… по сравнению с ПЭГ-НЧ холестерин был немного повышен в короне PLGA- и липид-НЧ (оба на 1.1%, см. Вспомогательную информацию, таблица S1), в то время как GPIno (34: 1) был увеличен на 1,3% для PLGA-NP; остальные изменения составили менее 0,1% и не считаются значимыми. 10 самых распространенных видов липидов (вспомогательная информация, таблица S1) далее показали, что около 90% короны НЧ состоит только из десяти липидов, и их анализ можно рассматривать как достаточно точный для будущих исследований взаимодействия. Хотя НЧ, покрытые ПЭГ и липидами, можно рассматривать как противоположно функционализированные, разница в составе липидной короны была лишь минимальной….
Context 4
… из-за высокого содержания липидов в образцах можно было только оценить абсолютное количество белков, адсорбированных на поверхности НЧ. Как оценка, основанная на протеомике дробовика, так и анализ с помощью анализа с бицинхониновой кислотой, показали, что соотношение белка к липиду не изменилось и оставалось примерно 1:10 на всех частицах (данные не показаны) в соответствии с предыдущими результатами Капралова и др. al. 22 На первый взгляд на состав белковой короны поведение адсорбции казалось сравнимым с липидной короной: наиболее распространенные белки на НЧ (Таблица 3) не отражали концентрацию в поставке нативного поверхностно-активного вещества (Таблица 1).Путем сравнения распределений белков в короне НЧ с помощью …
Секвенирование белковых следов, опосредованное РНКазой, выявляет сайты связывания белков по всему транскриптому человека | Genome Biology
Подход к секвенированию опосредованного РНКазой белка, который идентифицирует сайты взаимодействия РНК-белок
Чтобы получить объективное, общегеномное представление о взаимодействиях РНК-белок как для необработанных, так и для зрелых РНК в транскриптомах эукариот, мы разработали РНКазу -опосредованный подход к секвенированию белкового следа, известный как PIP-seq, путем выполнения тестов секвенирования на чувствительность к нуклеазам [29, 30] на сшитых РНК-белковых комплексах из клеток HeLa (рис. 1A).Предыдущие исследования взаимодействий РНК-белок оценивали стабильные эндогенные взаимодействия, а также взаимодействия, захваченные УФ-излучением (254 нм), которое связывает только прямые контакты белок-нуклеиновая кислота, и формальдегид, который связывает белок-нуклеиновая кислота и белок-кислота. белок контактирует с более длинным диапазоном [31–33]. Поэтому для создания всеобъемлющего и многогранного представления сайтов взаимодействия RBP мы использовали как методы перекрестного связывания, так и отсутствие перекрестных ссылок при выполнении PIP-seq.
Рисунок 1Обзор метода PIP-seq.(A) В методе PIP-seq клетки сшивают формальдегидом или УФ-светом 254 нм или не сшивают. Их лизируют и разделяют на контрольные образцы отпечатка и расщепления РНКазой. Образец отпечатка обрабатывают РНКазой (ss- или dsRNase), в результате чего образуется популяция защищенных РНКазой комплексов РНК-RBP. Затем перекрестные связи белка меняются местами (нагреванием для формальдегидных перекрестных связей или обработкой протеиназой K для УФ-перекрестных связей), оставляя только следы, на которых РНК была связана с белком.Для контрольного образца переваривания РНКазы, который предназначен для контроля нечувствительных к РНКазам областей, порядок операций обратный; Связанные белки сначала удаляются обработкой SDS и протеиназой K, а затем незащищенный образец РНК подвергается обработке РНКазой. Библиотеки для высокопроизводительного секвенирования, специфичные для цепей, готовят из контрольных образцов контура и РНКазы и нормализуют с использованием регибридизации и обработки дуплекс-специфической нуклеазой (DSN). PPS идентифицируются из данных секвенирования с использованием модели Пуассона.На снимках экрана показаны просмотры в браузере UCSC считывания секвенирования из отпечатка и контрольного образца переваривания РНКаз (тот же масштаб) и PPS, идентифицированных из областей перечисленных генов. (B, C) Абсолютное распределение PPS по видам РНК для формальдегида (B) и UV (C) , эксперименты с поперечно-сшитыми PIP-seq. (D, E) Среднее количество PPS на молекулу РНК (классифицировано по типу РНК (мРНК и днРНК) и области транскрипта (например, 5 ‘UTR)) для формальдегида (D) и UV (E) крест -связанные эксперименты с PIP-seq.Проценты указывают на долю каждого типа или области РНК, которая содержит информацию PPS. (F) Средняя экспрессия ( y -ось) человеческих мРНК, разделенных общим количеством PPS, идентифицированных в их последовательности ( x -ось) для PPS, идентифицированных с использованием формальдегидного поперечного сшивания. CDS, кодирующая последовательность; DSN, дуплекс-специфическая нуклеаза; дцРНКаза, двухцепочечная РНКаза; днРНК, длинная некодирующая РНК; PIP-seq, секвенирование профиля взаимодействия белков; PPS, защищенный белком сайт; ssRNase, одноцепочечная РНКаза; UTR, непереведенный регион.
Ранее мы использовали методы секвенирования очищенных РНК на чувствительность к нуклеазам для определения вероятностей образования пар оснований РНК путем обработки РНК одноцепочечной или двухцепочечной РНКазой (ss- или dsRNase соответственно) и секвенирования полученных популяций [29, 30]. Мы рассудили, что, используя обе эти РНКазы на сшитых РНК-белковых комплексах, мы сможем как всесторонне картировать сайты связывания RBP, так и исследовать вероятности спаривания оснований РНК in vivo. Однако для целей этой рукописи мы сфокусируем наш анализ конкретно на идентификации сайтов взаимодействия с белками, которые мы называем защищенными белками сайтами (PPS).
Для выполнения PIP-seq мы начали с прикрепленных клеток HeLa, поперечно сшитых одним из описанных выше методов (УФ или формальдегид), или использовали клетки, которые не были сшиты. Затем полученные клеточные лизаты были разделены на экспериментальные и фоновые образцы. Из-за структурно-специфической природы используемых РНКаз было важно иметь фоновый образец для контроля нечувствительных к РНКаз участков.Следовательно, «образец следа» (экспериментальный) непосредственно обрабатывали либо одноцепочечной РНКазой (ssRNase), известной как RNaseONE, либо двухцепочечной РНКазой (dsRNase), известной как RNaseV1. Напротив, контрольный образец переваривания РНКазой сначала денатурировали в SDS и обрабатывали протеиназой К перед расщеплением РНКазой. Таким образом, области, которые были защищены белком в образце отпечатка, стали чувствительными к перевариванию РНКазой в контрольном образце, а области, которые не были связаны, но нечувствительны к одной из нуклеаз из-за своего структурного статуса, остались такими.Для обоих образцов поперечные связи были впоследствии обращены (нагреванием для формальдегидных поперечных связей или обширной обработкой протеиназой K для УФ-поперечных связей), за чем следовало приготовление библиотеки, специфичной для цепи (рис. 1A). Широко распространенные виды РНК (например, рибосомные РНК) были истощены из каждой библиотеки на основе их быстрых скоростей повторного отжига с использованием протокола термостабильной дуплекс-специфической нуклеазы (DSN) (более подробную информацию см. В материалах и методах).
Затем мы секвенировали полученные библиотеки (всего четыре для каждой реплики), используя протокол одностороннего секвенирования 50 пар оснований Illumina, и получили от 31 до 60 миллионов необработанных считываний на библиотеку (дополнительный файл 1).Для идентификации PPS мы использовали модель распределения Пуассона, основанную на модифицированной версии программного пакета CSAR [34]. В частности, охват считыванием был рассчитан для каждой базовой позиции в геноме, и тест Пуассона был использован для вычисления оценки обогащения для контрольных библиотек расщепления отпечатка и РНКазы (дополнительный файл 1). Затем были вызваны PPS, как описано для анализа ChIP-seq [34], с вероятностью ложного обнаружения (FDR) 5% (рисунок 1A; дополнительные примеры см. В дополнительном файле с 2A по E).Используя этот подход, мы идентифицировали в общей сложности приблизительно 1 011 000 PPS в семи экспериментах, включая приблизительно 430 000 неперекрывающихся сайтов (дополнительный файл 1). Следует отметить, что анализ насыщения показал почти линейный рост количества PPS относительно глубины чтения, предполагая, что дальнейшее секвенирование, вероятно, обнаружит больше PPS, но с уменьшающейся отдачей (дополнительный файл 2F).
Мы обнаружили, что PPS, идентифицированные обеими стратегиями перекрестного связывания и без перекрестного связывания, широко распространяются как в экзонных, так и в интронных областях, с особым обогащением для дистального интронного связывания в экспериментах с поперечно-сшивкой формальдегидом (рис. 1B, C. и Дополнительный файл 3A).Более тщательное изучение PPS с разбивкой по генным признакам (например, 5 ‘и 3′ UTR, кодирующая последовательность (CDS) и интрон) или типу РНК (мРНК и длинная некодирующая РНК (lncRNA)) показало, что> 50% всех мРНК человека содержали множественные события связывания во всех областях транскриптов, за исключением 5’-UTR (в среднем приблизительно 1 PPS только в 28,8% от общего числа транскриптов) в клетках HeLa (фиг. 1D, E и дополнительный файл 3B). Поразительно, что в экспериментах с поперечно-сшитым формальдегидом PIP-seq в интронах каждого транскрипта было обнаружено в среднем примерно 26 PPS, по сравнению с примерно тремя и примерно двумя интронными PPS с УФ-сшитыми и несшитыми эксперименты соответственно (рис. 1D, E и дополнительный файл 3B).Эти результаты предполагают, что формальдегидное поперечное сшивание захватывает более временные и / или слабые взаимодействия RBP-РНК внутри интронных, особенно дистальных (> 500 нуклеотидов от сайта сплайсинга), частей мРНК. Мы также обнаружили, что приблизительно от 2% до 6% всех известных днРНК человека могут быть идентифицированы как содержащие в среднем 2,5 PPS в клетках HeLa с использованием PIP-seq с различными стратегиями перекрестного связывания (рис. 1D, E и дополнительный файл 3B). Ограниченное количество PPS-содержащих днРНК, обнаруженных в наших экспериментах, вероятно, связано с низкой экспрессией и тканеспецифической природой этих транскриптов.Чтобы устранить возможную зависимость нашего подхода от уровней экспрессии РНК, мы оценили связь между устойчивым содержанием РНК и количеством PPS на транскрипт и обнаружили, что уровни РНК объясняют только небольшую часть ( R 2 = 0,11) общей вариации количества PPS между транскриптами (рис. 1F и дополнительный файл 3C, D). В целом, эти результаты подтверждают, что PIP-seq обеспечивает всестороннее и в основном беспристрастное представление о глобальных сайтах взаимодействия РНК-белок в транскриптомах эукариот.
В целом, мы обнаружили, что сшивание формальдегидом выявляет наибольшее количество PPS, тогда как УФ и отсутствие сшивания дают намного меньше сайтов (дополнительный файл 1). Это неудивительно, учитывая, что формальдегид имеет больший диапазон действия, чем УФ, и может также стабилизировать более кратковременные и непрямые взаимодействия. Таким образом, использование формальдегидного поперечного сшивания дает более полное представление о сайтах взаимодействия РНК-белок, в то время как использование УФ-излучения, вероятно, увеличивает специфичность PPS к более тесно связанным мишеням, связанным с RBP.Мы также наблюдали, что обработка ssRNase давала в два раза больше уникальных PPS по сравнению с расщеплением dsRNase (дополнительный файл 1). Этому есть несколько объяснений, ни одно из которых не исключает друг друга. Например, ssRNase может иметь более высокую активность в условиях реакции, используемых в наших экспериментах, dsRNase может иметь меньшую доступность для связанных с белком участков dsRNA, или RBP человека могут предпочесть неструктурированные области в пределах РНК-мишени для взаимодействия. Вместе эти результаты показывают, что выбор перекрестно-связывающего реагента или РНКазы может иметь сильное влияние на идентификацию сайта взаимодействия РНК-белок, и что эти эффекты, вероятно, применимы к другим технологиям, которые решают тот же экспериментальный вопрос [27, 28].
PIP-seq — это воспроизводимый подход для идентификации известных и новых сайтов взаимодействия RBP
Чтобы оценить воспроизводимость PIP-seq, мы сначала определили корреляцию количества считываний при секвенировании между биологическими репликами следа и библиотек контроля переваривания РНКаз (рис. , B и дополнительный файл 4). Используя подход скользящего окна, мы наблюдали высокую корреляцию в количестве считываний между отдельными репликами отпечатков, обработанных формальдегид-сшитой ssRNase, и библиотек контроля расщепления РНКаз (корреляция Пирсона r = 0.88 и 0,84 соответственно) (Рисунок 2A и дополнительный файл 4A, B). Аналогичные результаты были также получены для библиотек, обработанных дцРНКазой (корреляция Пирсона r = 0,84 и 0,76, след и контроль переваривания РНКазы, соответственно) (рис. 2B и дополнительный файл 4A, B). Такая высокая воспроизводимость библиотек PIP-seq также наблюдалась между репликами библиотек, сшитых УФ-излучением (дополнительный файл 4C). Вместе эти данные указывают на то, что эксперименты и контроли PIP-seq воспроизводимы в повторностях с использованием различных РНКаз и перекрестных линкеров.
Рисунок 2PIP-seq является воспроизводимым и улавливает известные взаимодействия RBP-РНК. (A) Корреляция в количестве считываний между двумя репликами PIP-seq, обработанными ssRNase, обработанными формальдегидом (образец отпечатка слева, контроль расщепления РНКазой справа). (B) То же, что и (A) , но для репликатов, обработанных сшитой формальдегидом дцРНКазой. (C) Перекрытие в вызовах PPS между сшитой формальдегидом ssRNase, обработанной (вверху синий) и обработанной формальдегидом dsRNase (внизу, зеленый) реплицируется PIP-seq. (D) Перекрытие между PPS, идентифицированными из трех образцов PIP-seq, обработанных формальдегидом, и различных наборов данных CLIP. Значения показаны как log 2 обогащения по перемешанным фоновым распределениям. *** обозначает P <2,2 × 10 -16 (критерий хи-квадрат). (E) Перекрытие между сшитыми формальдегидом PPS из клеток HeLa и локусами, содержащими событие трансверсии T> C с 40 нуклеотидами, из набора данных gPAR-CLIP, созданного из клеток HEK293T (события трансверсии T> C с интервалом менее 40 п.н. объединены для создания набора данных, сопоставимого с PPS). (F) Число событий трансверсии T> C на PPS, идентифицированных сшивкой формальдегидом (фиолетовый) по сравнению с перетасованными областями (серый). Значения количества событий на перетасованную область являются средними из десяти случайных перетасовок. bp, пара оснований; дцРНКаза, двухцепочечная РНКаза; PIP-seq, секвенирование профиля взаимодействия белков; PPS, защищенный белком сайт; ssRNase, одноцепочечная РНКаза.
Затем мы исследовали воспроизводимость точной идентификации PPS между парными биологическими репликами.При формальдегидном перекрестном связывании мы наблюдали 68% и 42% (для ssRNase и dsRNase, соответственно) перекрытия между PPS, идентифицированными в двух повторах (рисунок 2C и дополнительный файл 5A). Точно так же 73% и 64% (ssRNase и dsRNase, соответственно) PPS, идентифицированных с помощью УФ-кросслинкинга, были реплицированы во втором более крупном наборе данных (дополнительный файл 5B). Эта степень перекрытия между PPS относительно высока по сравнению с более скромной воспроизводимостью идентифицированных сайтов связывания RBP в экспериментах по перекрестному связыванию и иммунопреципитации (CLIP-seq) и фотоактивируемому перекрестному связыванию рибонуклеозидов и иммунопреципитации (PAR-CLIP) [ 18].В целом, эти результаты показывают, что наш новый подход является воспроизводимым средством идентификации компонента, связанного с белком, транскриптома эукариот.
Мы также исследовали связь между PPS, идентифицированными разными РНКазами. Мы сравнили RNaseONE, которая предпочтительно расщепляет одноцепочечную РНК, с RNaseV1, которая предпочтительно расщепляет парные основания (дополнительный файл 5C, D, E). Мы обнаружили высокое перекрытие между сшитыми формальдегидом ПФС (72%), идентифицированными каждой РНКазой, по сравнению с УФ-сшитыми (32%) или несшитыми (37%) ПФС (дополнительный файл 5C, D, E).Это неудивительно, учитывая большее количество (дополнительный файл 1) PPS, идентифицированных с использованием формальдегидного сшивания, по сравнению с экспериментами с УФ-сшивкой или без сшивки. В целом, эти результаты показали, что обе РНКазы выявили набор перекрывающихся и уникальных последовательностей PPS, демонстрируя, что ss- и dsRNase необходимы для всесторонней идентификации сайтов взаимодействия РНК-белок в транскриптомах эукариот.
Чтобы подтвердить, что PIP-seq идентифицирует настоящие сайты взаимодействия РНК-белок, мы перекрыли PPS с известными сайтами связывания RBP из клеток HeLa и HEK293T [14–27] и обнаружили, что значительное количество (для большинства P < 2.2 × 10 –16 — исключение составляет один набор данных HuR для УФ-сшитых ПФС; см. Дополнительный файл 6A) PPS совпадают с многочисленными сайтами взаимодействия RPB, ранее протестированными с помощью подходов иммунопреципитации одного белка (например, HITS-CLIP, PAR-CLIP и т. д.) по сравнению с выраженным фоном транскриптома (более подробную информацию см. в разделе Материалы и методы. ) (Рисунок 2D и дополнительный файл 6A, B). Это примечательно с учетом нашего анализа PPS в клетках HeLa, поскольку большинство наборов данных CLIP-seq и PAR-CLIP были созданы с использованием клеток HEK293T.
Мы также сравнили наши данные с ранее опубликованными глобальными данными PAR-CLIP (gPAR-CLIP) для клеток HEK293T [27], в которых сайты связывания с белками были идентифицированы на основе трансверсий T> C (рисунок 2D, E и дополнительные файл 6A, B, C, D). Мы наблюдали значительное ( P <2,2 × 10 –16 ) обогащение ранее идентифицированных событий трансверсии в пределах идентифицированных нами PPS по сравнению с экспрессированным фоном транскриптома, предполагая, что по крайней мере некоторая часть событий связывания не зависит от типа клеток ( между клетками HeLa и HEK293T было примерно 38% перекрытие, рис. 2D, E и дополнительный файл 6A, B, C, D).Кроме того, мы проанализировали количество трансверсий T> C на PPS и обнаружили, что в среднем наблюдались 6,3 трансверсии T> C на PPS для сшитых формальдегидом PPS (рис. 2F и дополнительный файл 6E, F). Эти данные показали, что часто существует множество трансверсий gPAR-CLIP T> C на одно РНК-белок-связывающее событие, идентифицированное с помощью PIP-seq, и предполагают, что многие из идентифицированных нами PPS являются сайтами мульти-РНК-связывающего домена (RBD) и / или взаимодействия с несколькими RBP. Кроме того, наши находки демонстрируют, что PIP-seq может идентифицировать полный след сайтов взаимодействия RBP-RNA, подчеркивая его полезность при изучении этих событий.
Также стоит отметить, что PIP-seq идентифицировал в общей сложности 428 713 защищенных белком участков длиной приблизительно 40 нуклеотидов, в то время как gPAR-CLIP дал 706 586 локусов аналогичной длины (рис. 2E). Этому несоответствию есть несколько объяснений. Например, PIP-seq использует библиотеку фонового управления (контроль переваривания РНКазы (рис. 1A)), тогда как gPAR-CLIP — нет. Этот контроль, вероятно, важен для различения между шумом и событиями истинного связывания с белками и может учитывать идентификацию меньшего количества сайтов с помощью PIP-seq.С другой стороны, PIP-seq может быть менее чувствительным из-за отсутствия строгой стадии очистки РНК-белка. В целом, наши результаты показывают, что PIP-seq захватывает значительную популяцию областей взаимодействия РНК-белок человека в одном эксперименте, дополнительно подтверждая его надежность и надежность.
PIP-seq дает подробное представление о связанном с белком транскриптоме.
Два нерешенных вопроса в биологии РНК — это степень и формирование паттерна связывания RBP в генных областях.Мы решили ответить на эти вопросы, используя данные PIP-seq от различных кросс-линкеров и РНКаз. Сначала мы определили распределение размеров PPS, идентифицированных с использованием каждой РНКазы и кросс-линкера (рис. 3А). Мы обнаружили, что средний размер PPS для лечения сшитой формальдегидом ss- и dsRNase составлял приблизительно 40 и приблизительно 35 нуклеотидов, соответственно. Важно отметить, что это различие в размере между двумя РНКазами было постоянным для кросс-линкеров (дополнительный файл 7A, B), что позволяет предположить, что обработка ssRNase выявляет более крупные белковые следы и / или более длинные участки взаимодействий RBP в областях РНК.
Рисунок 3Функциональный анализ и характеристика сайтов связывания с белками. (A) Распределение размеров PPS, обработанных ssRNase (голубые столбцы) и dsRNase (зеленые столбцы), из образцов, сшитых формальдегидом. Пунктирные линии представляют средние размеры PPS (ssRNase, синяя линия и dsRNase, зеленая линия). (B) Геномное распределение плотности PPS, измеренное как базовое покрытие PPS, нормализованное к счетчикам считывания контроля переваривания РНКаз на геномную область. Проксимальный интрон относится к 500 нуклеотидам на 5′- и 3′-концах интронов. (C) Кумулятивное распределение средних баллов SiPhy-π в PPS (красная линия) по сравнению с фланкирующими последовательностями аналогичного размера (серая линия). (D) Сравнение средних показателей SiPhy-π между PPS (красные столбцы) и фланкирующими последовательностями (серые столбцы) для различных областей генома. (E) Профили средней оценки SiPhy-π по первым и последним 25 нуклеотидам PPS, а также по 50 нуклеотидам выше и ниже экзонных (зеленая линия), интронных (синяя линия) и днРНК (оранжевая линия) PPS.*** обозначает P <2,2 × 10 –16 (критерий хи-квадрат). CDS, кодирующая последовательность; дцРНКаза, двухцепочечная РНКаза; днРНК, длинная некодирующая РНК; NS, не имеет значения; PPS, защищенный белком сайт; ssRNase, одноцепочечная РНКаза; UTR, непереведенный регион.
Чтобы оценить геномное распределение событий связывания с белками, мы рассчитали обогащение PPS в определенных областях человеческого транскриптома (например, CDS, 5′-UTR, 3′-UTR, интрон и т. Д.) Относительно уровней их экспрессии. в контрольном образце переваривания РНКазы (рис. 3B и дополнительный файл 7C, D).Этот анализ выявил постоянное обогащение между РНКазами и кросс-линкерами для связывания белков в 3′-UTR, проксимальных (<500 нуклеотидов от сайта сплайсинга) интронах, а также в CDS (рис. 3B и дополнительный файл 7C, D). . Эти результаты неудивительны, учитывая роль этих регионов в посттранскрипционной регуляции и трансляции. Мы также обнаружили, что дистальные (> 500 нуклеотидов от сайта сплайсинга) интронные области были обогащены для связывания белков только в обработанных формальдегидом образцах (рис. 3B), что свидетельствует о высоком уровне временного, слабого и / или неспецифического связывания РНК. активность происходит в этих некодирующих областях.Наши результаты подтверждают идею, что большие внутренние области интронов могут служить стоками для RBP в клетках человека [19].
В отличие от мРНК, кодирующих белок, мы обнаружили, что днРНК постоянно истощены для связывания с белками (рис. 3B и дополнительный файл 7C, D). Таким образом, мы внимательно изучили связывание белка со 100 наиболее экспрессируемыми днРНК по сравнению с 3′-UTR мРНК с согласованной экспрессией в трех различных условиях перекрестного связывания. Эти анализы показали, что фракция идентифицированных пар оснований lncRNA и 3′-UTR, связанных белками, была сходной для экспериментов по поперечному сшиванию формальдегида с использованием обеих РНКаз.Напротив, для УФ и отсутствия перекрестного сшивания днРНК были значительно истощены в связывании с белками по сравнению с 3′-UTR мРНК с согласованной экспрессией (дополнительный файл 7E). Это истощение было согласовано для обеих РНКаз, предполагая, что это открытие не является следствием структурных различий между мРНК и днРНК. В целом, эти результаты подтверждают гипотезу о том, что днРНК более слабо и / или временно связываются взаимодействующими белками по сравнению с кодирующими белок мРНК, что может быть отличительной чертой этих двух типов эукариотических РНК.
Учитывая фундаментальную роль взаимодействий RBP-RNA в регуляции экспрессии эукариотических генов, мы предположили, что многие из идентифицированных PPSs эволюционно консервативны у позвоночных. Чтобы проверить это, мы сравнили показатели сохранения SiPhy-π для PPS с соседними регионами того же размера (рис. 3C, D, E и дополнительный файл 8). Используя этот подход, мы обнаружили, что последовательности PPS были значительно ( P <2,2 × 10 –16 ) эволюционно более консервативными, чем фланкирующие области (рис. 3C и дополнительный файл 8A, B).Важно отметить, что это было верно для последовательностей PPS как в экзонной, так и в интронной частях мРНК человека, но не для днРНК (рисунок 3D, E), и было согласовано для PPS, идентифицированных с каждым подходом перекрестного связывания (рисунок 3D, E и дополнительный файл 8C. , D, E, F). Эти результаты подтверждают представление о том, что способность взаимодействовать с RBPs функционально важна для последовательностей мРНК, и что этот признак подвергся отбору во время эволюции позвоночных. Более того, отсутствие консервативности PPS в lncRNAs согласуется с их низкими показателями сохранения у видов позвоночных.
Плотность связывания RBP в необработанных и зрелых мРНК
Учитывая важность связывания RBP в различных областях мРНК, мы решили определить плотность сайтов связывания с белками в конкретных областях транскриптов, кодирующих белок (рисунок 4 и дополнительный файл 9). Для этого мы сначала идентифицировали PPS в каждой аннотированной CDS, 5 ‘UTR, 3’ UTR и интронной области и рассчитали относительное распределение сайтов связывания по этим областям (рис. 4A, B и дополнительный файл 9A).Мы скорректировали среднюю длину каждого региона, чтобы получить общее представление об относительной связи между регионами. Мы также рассчитали покрытие PPS на основе нуклеотидов для конкретных субрегионов мРНК, кодирующих белок (рис. 4C, D, E, F и дополнительный файл 9B, C).
Рисунок 4Плотность сайтов связывания белков. (A, B) Средняя плотность PPS для формальдегида (A) и UV (B) эксперименты по сшиванию поперечных связей в 100 равноотстоящих бункерах в различных генных областях.Значения нормализованы отдельно для каждой генной области (например, интрона). (C, D) Средняя плотность PPS для формальдегида (C) и UV (D) эксперименты по сшиванию в пределах 50 нуклеотидов концов CDS. (E, F) Средняя плотность PPS для формальдегида (E) и UV (F) эксперименты по сшиванию в первых и последних 50 нуклеотидах интронов. Пунктирные линии в (C, D, E, F) представляют оставшуюся (не проанализированную) длину каждого элемента.CDS, кодирующая последовательность; PPS, защищенный белком сайт; UTR, непереведенный регион.
Применяя этот подход к PPS, идентифицированным с помощью формальдегидного поперечного сшивания, мы наблюдали аналогичные высокие уровни связывания в пределах всей CDS и 3′-UTR кодирующих белок транскриптов с обогащением для событий связывания, происходящих в начале и в начале и рядом с ними. кодоны (рис. 4А, В). Это обогащение было особенно очевидным при опросе плотности PPS по стартовым и стоп-кодонам на нуклеотидной основе (рис. 4C).Подобные обогащения, приводящие к началу CDS, были идентифицированы при определении плотностей PPS в 5 ‘UTR. Мы также обнаружили, что общая плотность связывания белка была ниже в 5′-UTR по сравнению с CDS и 3’-UTR (рис. 4A). Наблюдаемое обогащение PPS в областях стартового и стоп-кодона CDS, вероятно, отражает связывание с рибосомами, как ранее наблюдали другие [27, 28].
Общие сходные паттерны связывания RBP также наблюдались для экспериментов с УФ-перекрестным связыванием и без перекрестного связывания (рис. 4B и дополнительный файл 9A).Двумя исключениями были то, что плотности связывания с УФ-сшивкой и без сшивки RBP через 3′-UTR достигли пика около середины этой области (рис. 4B и дополнительный файл 9A), а профиль взаимодействия непосредственно над стартовым кодоном показали незначительное истощение связывания с белками в этих экспериментах (рис. 4D и дополнительный файл 9B). Эти результаты, вероятно, отражают различную специфичность поперечного сшивания формальдегида и УФ-излучения и поддерживают использование множественных сшивающих агентов для комплексной идентификации сайтов связывания RBP.
Учитывая способность PIP-seq захватывать необработанные РНК, мы также исследовали плотность связывания RBP через интроны. Неудивительно, что мы наблюдали большинство событий связывания проксимальнее 5′- и 3′-сайтов сплайсинга (Рисунок 4A, B и дополнительный файл 9A). Это было согласовано для кросс-линкеров и, вероятно, связано с обширной ассоциацией с механизмом формирования лариат, проксимальным к сайтам сплайсинга. При разрешении одного основания мы обнаружили начало этого обогащения, начиная с 40 нуклеотидов от каждого сайта сплайсинга, в соответствии с местом связывания факторов сплайсинга РНК (рис. 4E, F и дополнительный файл 9C).В целом, наши результаты показывают, что PIP-seq дает исчерпывающее представление о плотности сайтов взаимодействия РНК-белок во всех частях зрелых, а также необработанных мРНК, особенно при использовании нескольких сшивающих агентов.
PIP-seq раскрывает известные и новые мотивы взаимодействия РНК-белок и предоставляет доказательства посттранскрипционной гипотезы оперона
Учитывая, что PPS соответствуют последовательностям РНК, связанным с белками (рис. 2), мы стремились получить представление об элементах последовательности которые обогащены в сайтах взаимодействия РНК-белок в транскриптоме HeLa.Для этого мы использовали алгоритм MEME (Multiple EM for Motif Elicitation) [35] на PPS, разделенных на определенные области (например, 5 ‘UTR, 3′ UTR, CDS и интрон). Поскольку мы не могли исключить связывание рибосом в стартовых и стоповых кодонах, мы дополнительно удалили первый и последний экзоны каждой CDS. Используя этот подход, мы идентифицировали ранее известные связывающие мотивы, включая последовательности, подобные связывающему мотиву LIN28 [24], и U-богатые последовательности (дополнительный файл 10). Мы также идентифицировали многочисленные предполагаемые мотивы связывания RBP, некоторые из которых особенно интересны, потому что они длинные (примерно 20 нуклеотидов) и содержат несколько сильных консенсусных последовательностей, фланкированных более слабыми (3’-UTR-мотивы 4 и 31 и интронные мотивы 1 и 13). (Дополнительный файл 10).Эти мотивы могут соответствовать связыванию множественными РНК-связывающими доменами (например, RRM) одного белка или комплексом множественных RBP. Важно отметить, что мотивы с этой сигнатурой ранее не сообщались в данных CLIP-seq и PAR-CLIP. Кроме того, мы идентифицировали по крайней мере одну последовательность, которая показывала высокую степень самокомплементарности (мотив 3 ‘UTR 1). Это удивительно, учитывая, что цМемы не используют вторичную структуру РНК в качестве функции поиска при идентификации мотивов из набора заданных последовательностей.Эти данные подчеркивают полезность PIP-seq и использование в нем множественных структурно-специфичных нуклеаз для выявления скрытых особенностей транскриптома, взаимодействующего с белками.
Хотя считается, что РНК связываются и регулируются множеством RBP, очень мало известно об этих взаимодействиях и отношениях между конкретными RBP и соответствующими им мотивами последовательностей. Чтобы решить эту проблему, мы исследовали взаимодействия между предполагаемыми RBP-связывающими мотивами (рис. 5A), обнаруженными с помощью нашего подхода PIP-seq, поскольку они представляют собой связанные с белком последовательности в клетках HeLa.Для этого мы сначала идентифицировали все экземпляры каждого мотива в глобальном наборе идентифицированных PPSs на целевых РНК, используя FIMO [36]. Мы свернули мотивы с похожими последовательностями и исключили те, которые были длинными (примерно 20 нуклеотидов) и невырожденными, потому что они, вероятно, представляют собой повторяющиеся последовательности вместо истинных связывающих мотивов. Затем мы количественно оценили совместное связывание остальных мотивов (примерно 40) во всех мРНК, кодирующих белок, путем подсчета количества транскриптов, на которых каждая пара мотивов была совместно обнаружена в PPS.Затем мы использовали кластеризацию k -средств полученной взвешенной матрицы смежности и идентифицировали пять кластеров мотивов, которые взаимодействуют с очень похожими наборами целевых мРНК (рис. 5A). Эти результаты показывают, что многие мРНК содержат многочисленные мотивы, взаимодействующие с RBP в своих последовательностях, и что скоординированное связывание RBP со специфическими транскриптами-мишенями может представлять собой общий феномен клеточных РНК-белковых взаимодействий, как ранее предполагалось в гипотезе посттранскрипционного оперона [9 , 10].
Рисунок 5PIP-seq выявляет связанные с белком мотивы последовательности, которые совместно встречаются в группах функционально связанных транскриптов. (A) Анализ MDS совместной встречаемости RBP-связанного мотива в мРНК человека. Мотивы, использованные в этом исследовании, были идентифицированы с помощью анализа последовательностей PPS на основе цМема. Последовательности для всех мотивов, использованных в этом анализе, можно найти в Дополнительном файле 10. Цвета указывают на принадлежность к кластеру, как определено с помощью k — означает кластеризацию ( k = 5). (B) Наиболее значительно обогащенные биологические процессы (и соответствующее значение P ) для транскриптов-мишеней, где указанные кластеры мотивов, идентифицированные в (A) , связаны совместно. МДС, многомерное масштабирование; PIP-seq, секвенирование профиля взаимодействия белков; PPS, защищенный белком сайт; RBP, РНК-связывающий белок.
Мы также использовали DAVID [37], чтобы исследовать чрезмерно представленные биологические процессы для РНК, которые содержали события связывания для каждого мотива из пяти кластеров, идентифицированных в анализе k -средних (рис. 5A, кластеры 1, 3-5).Следует отметить, что мотивы в кластере 2 не встречались одновременно в достаточно большой группе связанных транскриптов, чтобы можно было провести значимый анализ онтологии генов (GO). Мы обнаружили, что наиболее широко представленные функциональные термины для РНК, которые содержат эти совместно встречающиеся мотивы последовательностей в кластерах HeLa 1, 3-5, были связаны с различными процессами, включая процессы развития и иммунитет (кластер 1), активность каспаз и апоптоз. (Кластеры 4 и 5, соответственно), а также регуляция транскрипции и метаболических процессов РНК (Кластер 3) (Рисунок 5B).Эти результаты предполагают, что существуют отдельные группы мотивов распознавания RBP, которые участвуют в посттранскрипционной регуляции различных наборов мРНК, кодирующих функционально родственные белки.
SNP, связанные с заболеванием, коррелируют с последовательностями связанных с белками РНК
Растущий набор данных свидетельствует о том, что множественные механизмы на уровне РНК, некоторые из которых зависят от взаимодействий РНК-белок, являются средствами, с помощью которых конкретные однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) в мРНК влияют на фенотипы болезней человека [38–41].В подтверждение этого мы обнаружили, что PPS обогащены связанными с заболеванием SNP из dbSNP build 137 и каталога NHGRI GWAS (рисунок 6A). Кроме того, соотношение синонимичных и несинонимичных SNP также было значительно выше в пределах PPS по сравнению с экспрессируемым фоном транскриптома (Рисунок 6B, P = 9,8 × 10 –4 ), что дополнительно подтверждает идею о том, что нарушение РНК -Белковые взаимодействия лежат в основе механизма заболевания рассматриваемых полиморфизмов.
Рисунок 6SNP, ассоциированные с заболеванием, обогащены PPS в человеческих транскриптах.(A) Обогащение связанных с заболеванием SNP из dbSNP build 137 и каталога NHGRI GWAS в PPS по сравнению с фоном. *** обозначает P → 0, а ** обозначает P <0,001 (критерий хи-квадрат). (B) Соотношение синонимичных и несинонимичных SNP в PPS по сравнению с фоном. ** обозначает P <0,001 (критерий хи-квадрат). (C, D) Два примера связанных с заболеванием SNP, обнаруженных в UROD (C) и PARK7 (D) , которые перекрываются с PPS, идентифицированными с помощью PIP-seq в клетках HeLa с использованием обработки ssRNase (SSase ).Скриншоты взяты из нашего браузера PIP-seq [46]. SNP UROD и PARK7 (как указано на отмеченной дорожке SNP) используются в анализах, показанных в (E) и (F) , соответственно. Синяя линия под моделью транскрипта обозначает области, используемые для анализов в (E) и (F) . (E, F) УФ-анализ перекрестного связывания нормальных SNP, связанных с заболеванием, с использованием зондов с заменой только конкретной пары оснований, как указано в скобках рядом с меткой заболевания, и белковых лизатов из клеток HeLa.В этом анализе использовались SNP rs121918066 (E) и rs74315352 (F) , связанные с поздней кожной порфирией и болезнью Паркинсона с ранним началом, соответственно. Репрезентативные изображения для трех повторных экспериментов. ** обозначает P <0,001 (односторонний t -тест). bkgd, фон; PIP-seq, секвенирование профиля взаимодействия белков; PPS, защищенный белком сайт; SNP, однонуклеотидный полиморфизм; SSase, лечение ssRNase.
Чтобы проверить, что связанные с заболеванием SNP человека могут влиять на взаимодействия RBP-РНК, мы использовали УФ-анализ перекрестного связывания с зондами РНК длиной 38 нуклеотидов, содержащими либо нормальный, либо связанный с заболеванием вариант в своем центре.Для этого анализа мы сосредоточили внимание на двух конкретных SNP, которые связаны с поздней кожной порфирией и болезнью Паркинсона с ранним началом (rs121918066 и rs74315352, соответственно) (дополнительный файл 11). Мы обнаружили, что оба протестированных SNP, связанных с заболеванием, оказали значительное влияние на специфические взаимодействия RBP-РНК ( P <0,001) (рис. 6C, D). Фактически, мы обнаружили, что rs121918066 нарушает, а rs74315352 усиливает специфические взаимодействия с комплексом RBP. Эти данные показали, что связанные с заболеванием SNP, которые находятся в сайтах связывания RBP, могут влиять на взаимодействие между белками и их целевыми РНК.В целом, эти результаты предполагают, что модуляция взаимодействий RBP может быть важным механизмом заболевания на уровне РНК у людей.
Protagen Protein Services и BioAnalytix объединяются для создания глобального партнера по аналитическим услугам для биофармацевтических препаратов
HEILBRONN, Германия и БОСТОН, 11 апреля 2019 г. (GLOBE NEWSWIRE) — Protagen Protein Services GmbH (PPS), контрактная исследовательская организация с полным спектром услуг (CRO) в области анализа белков, и BioAnalytix Inc., Кембридж (Массачусетс) Специализированный поставщик передовой аналитики в области биофармацевтических разработок объявил сегодня о слиянии, которое превратит объединенную компанию в ведущего глобального поставщика аналитических услуг для биофармацевтической промышленности.Сегодняшнее объявление создает для биофармацевтических компаний во всем мире лучшего в своем классе партнера, который сможет воспользоваться самыми передовыми, интегрированными и полными аналитическими услугами в области биофармацевтических разработок, от выбора клонов до утверждения лекарств и их коммерциализации.
Работая вместе со своими фармацевтическими партнерами, команды PPS и BioAnalytix создают лучшие в своем классе аналитические пакеты данных и обеспечивают научную, техническую и нормативную поддержку для продвижения, снижения рисков и ускорения всех этапов биофармацевтической разработки на самом высоком качество от клона через клинику.
Мартин Блюггель, основатель и генеральный директор PPS, заявил: «Обе компании разделяют схожее видение, предпринимательскую гибкость и наследие передового опыта в поддержке ведущих фармацевтических компаний с помощью высококачественной аналитики и стратегических решений посредством развития. Мы очень рады более непосредственному обслуживанию наших фармацевтических партнеров на территориях FDA и EMEA и продолжим наше расширение возможностей и возможностей, теперь включая инновационные области BioAnalytix, такие как расширенный HDX-MS и in vivo CQA Mapping.
Киртланд Посс, основатель и генеральный директор BioAnalytix, добавил: «Мы очень рады объединению обеих компаний и их аналитических предложений. Более широкие платформы позволят нам предоставлять значительно больший спектр аналитических пакетов данных и нормативную поддержку здесь, в США, по мере того, как мы расширяем наши возможности в продвижении, снижении рисков и ускорении всех этапов биотерапевтических разработок с нашими фармацевтическими партнерами ».
Объединив аналитические платформы, программы и высококвалифицированные аналитические группы, базирующиеся как в США, так и в Европе, PPS и BioAnalytix будут работать напрямую и в более широком масштабе с ведущими биофармацевтическими компаниями в области разработки, создания и доставки интегрированных пакетов аналитических данных, а также стратегической поддержки по всем направлениям. полный цикл разработки, от возможности разработки и оптимизации потенциальных клиентов, выбора клонов и разработки процессов, расширенных характеристик и сопоставимости, тестирования стабильности для разработки стратегии управления и подачи заявок на регистрацию CMC до коммерциализации и полного тестирования коммерческих продуктов согласно требованиям GMP.
О компании Protagen Protein Services
Protagen Protein Services GmbH (PPS) является ведущим CRO и признанным экспертом в области аналитических услуг по анализу белков, соответствующих требованиям GMP. Более чем 20-летний опыт работы на рынке и широкий спектр аналитических методов обеспечивают высочайшее качество для клиентов в фармацевтической, биотехнологической и медико-биологической отраслях. PPS сотрудничает с клиентами в разработке инновационных биопрепаратов, обеспечивая полную аналитическую поддержку, полную документацию и превосходное управление проектами от клона до клиники.PPS поддерживает разработчиков биоподобных веществ, предлагая широкий спектр аналитических методов и консультируя их по достижению и демонстрации биоподобия.
О компании BioAnalytix
BioAnalytix, Inc. — специализированная аналитическая компания, работающая с ведущими биотерапевтическими компаниями в области разработки и применения расширенной аналитики и анализа данных сложных биопрепаратов. Базируясь в Кембридже, Массачусетс, и став частью Protagen Protein Services GMBH, Германия в 2019 году, программы BioAnalytix ориентированы на гибридные ЖХ-МС, платформы физической химии и анализа данных для точного описания сложных биотерапевтических препаратов от отбора кандидатов до коммерциализации.
Корпоративный контакт
Мартин Блюггель,
Генеральный директор Protagen Protein Services GmbH
Inselwiesenstrasse 10; 74067 Хайльбронн, Германия и
Otto Hahn Str. 15; 44267 Дортмунд, Германия
Телефон +49 231 9742 6100
Эл. Почта [email protected]
Контактная информация для СМИ
Тобиас Тимтнер; Менеджер по маркетингу
Телефон +49 7131 74504
Эл. Почта [email protected]
Корпоративные контакты в США
Киртланд Посс
Генеральный директор BioAnalytix Inc.
790 Memorial Drive
Кембридж, Массачусетс 02139, США
Телефон +1857 829 3200
Эл. Почта [email protected]
Мэри Боуэн; Директор по стратегическому и цифровому маркетингу
Телефон +1857 259 6706
Эл. Почта [email protected]
Контактная информация для СМИ в США
Jules Abraham
JQA Partners, Inc.
Телефон +1917 885 7378
Эл. Почта @ jabraham jqapartners.com
protagen_protein_services
Protagen Protein Services (PPS) — мировой лидер в области CRO и признанный эксперт в области методов масс-спектрометрии для аналитических и CMC услуг в области белковой науки для биопрепаратов.Более чем 20-летний опыт работы на рынке и широкий спектр проверенных аналитических методов обеспечивают высочайшее качество для клиентов в фармацевтической, биотехнологической и медико-биологической отраслях. PPS поддерживает разработчиков биосимиляров широким спектром аналитических методов и консультированием по достижению и демонстрации биоподобия. Для разработки новых биологических объектов (NBE) PPS поддерживает подходы клиентов с помощью комплексного обслуживания, включая полную аналитическую поддержку, полную документацию и выдающееся управление проектами для достижения успеха на рынке.
Наши услуги как CRO
Основываясь на уникальном партнерстве CRO с нашими клиентами, специализированные группы PPS создают лучшие в своем классе пакеты аналитических данных для белков. Сотрудничая с фармацевтическими партнерами компании в качестве их CRO, PPS предоставляет научные, технические и нормативные услуги CMC для продвижения, снижения рисков и ускорения всех этапов биофармацевтической разработки, включая разработку биосимиляров высочайшего качества от клона до клиники.
Biologics Полный комплекс услуг
Для обеспечения полного обслуживания в области биопрепаратов , PPS предлагает всеобъемлющий диапазон аналитических возможностей от Drug Discovery и development до тестирования выпуска и нормативных CMC Services под ICH Q6B.
Biologics произвела революцию в лечении и профилактике многих заболеваний, ведущих к инвалидности и опасных для жизни. Эти препараты в основном получают из биологических источников, таких как клетки животных, бактерии и дрожжи. Биофармацевтические препараты могут представлять собой небольшие молекулы, такие как человеческий инсулин, эритропоэтин (ЭПО), гормон роста человека G-CSF, или сложные большие молекулы, такие как моноклональные антитела.
Поскольку белки представляют собой сложные молекулярные образования, полученные в результате биологических процессов, они почти всегда не являются полностью очищенными и гомогенными молекулами, а вместо этого демонстрируют определенную степень структурной гетерогенности.Это означает, что характеристика белка всегда имеет три аспекта:
- Идентификация основного белкового компонента
- Обозначение второстепенных компонентов
- Количественное определение второстепенных компонентов (примесей, связанных как с процессом, так и с продуктом)
Кроме того, анализ белка не будет полным без , характеризующего его функциональную целостность .
Для предоставления этого полного сервиса биопрепаратов PPS предлагает полный спектр возможностей, от открытия лекарств и разработки до тестирования релизов и нормативных услуг CMC под ICH Q6B.
Полный спектр наших биологических услуг включает аналитические возможности и масс-спектрометрию Опыт для:
Необычный фосфоенолпируват (PEP), синтетазоподобный белок, имеющий решающее значение для увеличения накопления полигидроксиалканоата в Haloferax mediterranei, выявленный путем разделения механизма взаимопревращения PEP-пирувата
РЕЗЮМЕ
Фосфоенолпируватная точка метаболизма и метаболизма пируватного глинозема и пирувата в основном метаболизме PEP и метаболизме пириколи катализируется различными наборами ферментов в различных группах архей .В этом исследовании мы сообщаем об основных ферментах, которые катализируют анаболические и катаболические направления взаимного превращения ПЭП / пирувата в Haloferax mediterranei. Анализ in silico показал присутствие калий-зависимой пируваткиназы (PYK Hm [HFX_0773]) и двух кандидатов фосфоенолпируватсинтетазы (PPS) (PPS Hm [HFX_0782] и белка-гомолога PPS. как [HFX_2676]) в этом штамме. Экспрессия гена pyk Hm и pps Hm была индуцирована глицерином и пируватом, соответственно; тогда как ген pps -подобный ген вообще не индуцировался.Аналогичным образом, генетический анализ и ферментативная активность очищенных белков показали, что PYK Hm катализирует превращение PEP в пируват и что PPS Hm катализирует обратную реакцию, тогда как PPS-подобный белок не проявляет никакой функции во взаимном превращении PEP / пируват. Интересно, что нокаут гена, подобного pps , привел к увеличению продукции поли (3-гидроксибутират- co -3-гидроксивалерата) (PHBV) на 70,46%. Результаты секвенирования транскриптома (RNA-Seq) и количественной ПЦР с обратной транскрипцией (qRT-PCR) показали, что многие гены, ответственные за поставку мономера PHBV и за синтез PHBV, были активированы в штамме с делецией гена pps, подобном , и, таким образом, улучшилось накопление PHBV. .Кроме того, наши филогенетические данные свидетельствуют о том, что PPS-подобный белок отделился от фермента PPS и превратился в отдельный белок с новой функцией у галоархей. Наши результаты пытаются заполнить пробелы в центральном метаболизме архей , предоставляя исчерпывающую информацию о ключевых ферментах, участвующих во взаимопревращении галоархейных ПЭП / пируват, а также мы сообщаем о высокоурожайном штамме PHBV с большими возможностями в будущем.
ВАЖНОСТЬ Археи , третья сфера жизни, развили разнообразные метаболические пути, чтобы справиться с экстремальными условиями их обитания.Взаимопревращение фосфоенолпирувата (PEP) / пирувата во время метаболизма углеводов является одним из таких важных метаболических процессов, которые сильно дифференцируются среди Archaea . Однако этот процесс еще не охарактеризован в группе галоархей. Haloferax mediterranei — хорошо изученная галоархея, обладающая способностью продуцировать полигидроксиалканоаты (ПГА) в условиях несбалансированного питания. В этом исследовании мы идентифицировали ключевые ферменты, участвующие в этом взаимопревращении, и обсудили их отличия от их аналогов от других членов доменов Archaea и Bacteria .Примечательно, что мы обнаружили новый белок, подобный фосфоенолпируватсинтетазе (PPS-подобный), который проявил высокую гомологию с ферментом PPS. Тем не менее, PPS-подобный белок развил некоторые отличительные особенности последовательности и функции, и, что удивительно, соответствующая делеция гена помогла значительно усилить синтез поли (3-гидроксибутират- co -3-гидроксивалерата) (PHBV). В целом, мы восполнили пробел в знаниях о взаимном превращении PEP / пирувата у галоархей и сообщили об эффективной стратегии улучшения продукции PHBV у H.mediterranei.
- Авторские права © 2019 Американское общество микробиологии.
Портфельная компания ZFHN PPS выходит на рынок США
Protagen Protein Services объединяет усилия с американским специалистом
Хайльбронн / Бостон, 17 апреля 2019 г. — Protagen Protein Services GmbH (PPS), ведущий поставщик услуг по анализу контрактов в области исследования белков, вышел на важный рынок Северной Америки.Слияние с BioAnalytix Inc. из Кембриджа недалеко от Бостона приведет к созданию ведущего глобального поставщика аналитических услуг для биофармацевтической промышленности. С 2005 года Zukunftsfonds Heilbronn (ZFHN) является мажоритарным акционером PPS.
PPS и BioAnalytix имеют большой опыт
PPS предлагает широкий спектр проверенных аналитических методов для известных компаний в фармацевтической, биотехнологической и медико-биологической отраслях. Компания из Хайльбронна и Дортмунда также поддерживает разработку так называемых биоподобных препаратов посредством своей аналитики и предлагает ряд услуг, связанных с биологическими препаратами и оценкой биотерапевтических средств.BioAnalytix — это компания, специализирующаяся на аналитических услугах, которая сотрудничает с ведущими биотерапевтическими компаниями в разработке и применении передовых аналитических методов и анализа данных сложных биопрепаратов.
Обе компании идеально дополняют друг друга
«Обе компании идеально дополняют друг друга. Теперь мы можем предложить полный портфель аналитических услуг для разработки высокоэффективных белковых препаратов на территории США и ЕС., Наша компания получает доступ к важному рынку Северной Америки, который активно растет в течение многих лет. Для нас было очень важно выбрать Бостон в качестве мирового центра биотехнологий и фармацевтики », — объясняет Мартин Блюггель, управляющий директор PPS.
«Участие в PPS уже много лет приносит нам огромное удовольствие. Компания заработала отличную репутацию. Шаг в Северную Америку был логичным и последовательным », — объясняет Томас Р. Виллинджер, генеральный директор ZFHN.
.