Калькулятор пептидов: Доступ ограничен! Онлайн-калькулятор пептидов. Точный расчет дозировок

Содержание

Калькулятор пептидов, пептидный калькулятор, калькулятор дозировок пептидов

Калькулятор расчета дозировки пептида

Пептидный калькулятор необходим для разведения действующего вещества и расчета его дозировки. На ваш выбор представлены два вида инсулиновых шприцов, наиболее распространенных в аптеках.

Микрограмм (мкг) измерения пептидные используются, чтобы найти дозу в каждом блоке и галочка на инсулиновый шприц.

Как измеряются дозировки пептидов

     МЛ = миллилитр. Это измерение объема равная 1/1000 литра. Когда мы говорим о воде или аналогичных жидкостей, это эквивалентно одному кубическому сантиметру.

     IU = международные единицы. Используются для измерения активности (те эффекта) многих витаминов и лекарств. Для каждого вещества, к которым применяется данные единицы измерения, есть международное соглашение с указанием биологического эффекта, ожидаемого в дозе 1 МЕ. Другие количества вещества затем выражают как коэффициенты этого стандарта. Это также означает, что это измерение не основано на большой объем или массу вещества, а основано на эффекте от препарата.

     MG = миллиграмм. Это измерение веса. Это 1/1000 грамма. Количество химического вещества часто измеряется в миллиграммах. Для инъекционных растворов, это будет мера концентрации массы к объему, например, мг / мл (миллиграмм на миллилитр). В случае пероральных веществ, хотя фактическая масса таблетки / капсулы может быть значительно выше, из-за использования наполнителей веществ. Это означает, что небольшие таблетки могут быть гораздо более мощными, чем большой таблетки. Так что судить о действенности таблетки необходимо не по объему и весу, а по заявленному количеству действующего вещества. Типичная дозировка пептидов в 5 и 10 миллиграмм на флакон.

1000 мкг (микрограмм) = 1 мг (миллиграмм) 
1000 мг (миллиграмм) = 1 г (грамм) 
1000 г (грамм) = 1кг (кг) 
1000 мл (миллилитр) = 1 литр 
1мл (вода) = 1СС (вода)

Для того, чтобы определить, сколько микрограмм(мкг) пептида находится в одном делении инсулинового шприца, необходимо воспользоваться калькулятором пептидов и выполнить следующие действия: 

1. Выбрать тип инсулинового шприца в зависимости от объема

2. Указать количество пептида во флаконе (указано на нем, обычно дозировка 5 или 10мг)

3.  Указать количество вводимой во флакон жидкости (обычно с пептидами идет ампула 2мл бак воды)

4. Указать желаемую дозировку, необходимую для одной инъекции пептида

Кроме того, у нас есть конвертер СТГ.

С-пептид перевести в пмоль/л, нмоль/л, нг/мл, нг/дл, нг/100мл, нг%, нг/л, мкг/л. Онлайн калькулятор / конвертер традиционных единиц в единицы СИ

C-пептид состоит из 31 одноцепочечной аминокислоты (AA 33-63), связывающей (C) полипептид с молекулярным весом приблиз. 3021 дальтон. В процессе биосинтеза инсулина С-пептид формируется вместе с инсулином как побочный продукт, путем протеолитического расщепления молекулы-предшественника проинсулина, содержащегося в секреторных гранулах β-клеток поджелудочной железы в комплексе Гольджи. Проинсулин, в свою очередь, отщепляется от препроинсулина.

С-пептид осуществляет важную функцию при формировании двухцепочечной структуры инсулина (А- и В-цепей) а также при образовании двух дисульфидных мостиков с молекулой проинсулина. Инсулин и С-пептид секретируются в эквимолярных количествах и попадают в кровоток через воротную вену. Поскольку половина инсулина, и практически нисколько С-пептида, экстрагируются в печени, период полужизни C-пептида длиннее (около 35 минут), чем у инсулина; концентрации С-пептида, сохраняющиеся в периферическом кровообращении в 5-10 раз выше, и эти уровни подвержены меньшему изменению, чем уровни инсулина.

Печень не экстрагирует С-пептид, который выводится из кровотока почками и распадается на фракции, выделяемые мочой в неизменном виде. Концентрация С-пептида в моче примерно в 20-50 раз выше, чем в сыворотке крови. Поэтому эти концентрации повышены при почечной недостаточности.

Ранее считалось, что С-пептид биологически не активен. Тем не менее, современные исследования показали, что он способен оказывать молекулярное и физиологическое воздействие, что указывает на то, что С-пептид — биоактивный пептид. Существуют основания для того, чтобы полагать, что при замещении C-пептида, и одновременном введении инсулина, может предотвратить развитие или замедлить прогрессирование осложнений при диабете 1-го типа.

Измерения С-пептида, инсулина и глюкозы используются для дифференциальной диагностики гипогликемии (искусственной гипогликемии и гипогликемии, вызванной инсулиновым шоком), чтобы обеспечить надлежащее лечение и контроль за пациентами. Для расчета секреции эндогенного инсулина, измерения С-пептида проходят базально натощак, после стимуляции и супрессивных тестов. В результате преобладания эндогенных анти-инсулиновых антител, у больных диабетом, проходящих инсулино-терапию, концентрации С- пептида отражают секрецию эндогенного панкреатического инсулина более точно, чем сами уровни инсулина. Таким образом, измерения C- пептида могут быть полезны при оценке остаточной функции β-клеток на ранних стадиях сахарного диабета 1-го типа для дифференциальной диагностики латентного аутоиммунного диабета взрослых (LADA) и диабета 2-го типа.

Измерение уровней С-пептида также используется для оценки успешной трансплантации островков поджелудочной железы и мониторинга после панкреатэктомии.

Уровень С-пептида в моче измеряется в том случае, если есть необходимость в непрерывной оценки функции β-клеток или в случае невозможности частого забора крови (например, у детей). С-пептид,выводимый с мочой, используется для оценки функции поджелудочной железы при гестационном диабете, а также у пациентов с лабильным гликемическим контролем у инсулино-зависимых больных сахарным диабетом (IDDM).

Несмотря на то, что исследования на C-пептид не требуются для рутинного мониторинга диабета, исследование его концентрации является ценным инструментом при выборе индивидуального метода лечения, что играет важную роль для оптимальной долгосрочной регуляции обмена. Повышенные уровни С-пептида могут иметь место в результате повышенной активности β-клеток при инсулиновом шоке, почечной недостаточности и ожирении. Была обнаружена корреляция между повышенными уровнями C- пептида, ростом гиперлипопротеинемии и гипертензии. Пониженный уровень С-пептида наблюдается при: недоедании, искусственной гипогликемии, гипоинсулинизме (NIDDM, IDDM), Аддисоновой болезни и после проведения радикальной панкреатэктомии.

Индекс инсулинорезистентности (HOMA-IR)

Исследование, направленное на определение резистентности к инсулину путем оценки уровней глюкозы и инсулина натощак и расчета индекса исулинорезистентности.

Синонимы русские

Индекс инсулинорезистентости; резистентность инсулина.

Синонимы английские

Homeostasis Model Assessment of Insulin Resistance; HOMA-IR; insulin resistance.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Венозную кровь.

Как правильно подготовиться к исследованию?

  • Не принимать пищу в течение 8-12 часов перед исследованием.
  • Кровь рекомендуется сдавать в утренние часы строго натощак.
  • Необходимо проинформировать о принимаемых лекарственных препаратах.
  • Исключить физическое и эмоциональное перенапряжение за 30 минут до исследования.
  • Не курить в течение 30 минут до исследования.

Общая информация об исследовании

Инсулинорезистентность – это снижение чувствительности инсулинозависимых клеток к действию инсулина с последующим нарушением метаболизма глюкозы и поступления ее в клетки. Развитие резистентности к инсулину обусловлено сочетанием метаболических, гемодинамических нарушений на фоне воспалительных процессов и генетической предрасположенности к заболеваниям. При этом повышается риск возникновения сахарного диабета, сердечно-сосудистых заболеваний, нарушения обмена веществ, метаболического синдрома.

Инсулин является пептидным гормоном, который синтезируется из проинсулина бета-клетками островков Лангерганса поджелудочной железы. Инсулин участвует в транспорте глюкозы из крови в клетки тканей, в частности мышечной и жировой тканей. Гормон также активирует гликолиз и синтез гликогена, жирных кислот в клетках печени, снижает липолиз и кетогенез, принимает участие в накоплении энергетических соединений в клетках и их использование в метаболических процессах. При развитии резистентности клеток и тканей к инсулину увеличивается его концентрация в крови, что ведет к нарастанию концентрации глюкозы. Вследствие этого возможно развитие сахарного диабета 2-го типа, атеросклероза, в том числе коронарных сосудов, артериальной гипертензии, ишемической болезни сердца, ишемического инсульта.

Для оценки инсулинорезистентности может быть использован индекс HOMA-IR (Homeostasis Model Assessment of Insulin Resistance). Он рассчитывается по формуле: HOMA-IR = инсулин натощак (мкЕд/мл) x глюкоза натощак (ммоль/л)/22,5. Повышение значений HOMA-IR отмечается при повышении уровня глюкозы или инсулина натощак. Это соответствует повышению резистентности клеток и тканей к инсулину и повышенному риску развития сахарного диабета 2-го типа и сердечно-сосудистых заболеваний. Пороговое значение резистентности к инсулину, рассчитанной с помощью индекса HOMA-IR, определяется как 70-75 перцентили его кумулятивного популяционного распределения.

Индекс инсулинорезистентности может быть использован в качестве дополнительного диагностического показателя метаболического синдрома. Метаболический синдром представляет собой комплекс факторов риска сердечно-сосудистых заболеваний, сахарного диабета 2-го типа, атеросклероза, стеатоза печени и некоторых видов рака. В результате развивается комплекс метаболических, гормональных и клинических нарушений на фоне ожирения в результате развития инсулинорезистентности.

Индекс HOMA-IR является информативным показателем развития нарушений толерантности к глюкозе и сахарного диабета у пациентов с уровнем глюкозы ниже 7 ммоль/л. Также расчет данного показателя может быть использован при подозрении на развитие резистентности к инсулину при синдроме поликистозных яичников у женщин, гестационном сахарном диабете, хронической почечной недостаточности, хронических гепатитах В и С, стеатозе печени неалкогольной этиологии, ряде инфекционных, онкологических, аутоиммунных заболеваний и терапии некоторыми лекарственными препаратами (глюкокортикоиды, оральные контрацептивы и другие).

Для чего используется исследование?

  • Для оценки развития резистентности к инсулину.
  • Для оценки риска развития сахарного диабета, атеросклероза, сердечно-сосудистых заболеваний.
  • Для комплексной оценки возможного развития резистентности к инсулину при метаболическом синдроме, поликистозе яичников, хронической почечной недостаточности, хронических гепатитах В и С, стеатозе печени.

Когда назначается исследование?

  • При оценке риска развития и при клинических проявлениях артериальной гипертензии, ишемической болезни сердца, ишемического инсульта, сахарного диабета 2-го типа, атеросклероза.
  • В комплексной диагностике при подозрении развития резистентности к инсулину при метаболическом синдроме, поликистозе яичников, хронической почечной недостаточности, хронических гепатитах В и С, неалкогольном стеатозе печени, гестационном сахарном диабете, инфекционных заболеваниях и применении некоторых лекарственных препаратов.

Что означают результаты?

Референсные значения

Глюкоза в плазме

Возраст

Референсные значения

Меньше 14 лет

3,3 — 5,6 ммоль/л

Дети старше 14 лет, мужчины, небеременные женщины

4,1 — 6,1 ммоль/л

Беременные женщины

4,1 — 5,1 ммоль/л

Оценка уровня глюкозы

Уровень глюкозы

Признак

От 3,9 до 5,5 ммоль/л (70-99 мг/дл )

Нормальный уровень

От 5,6 до 6,9 ммоль/л (100-125 мг/дл)

Повышенный уровень (преддиабет)

7 ммоль/л (126 мг/дл) и выше при неоднократном повторении анализа

Диабет

Инсулин:

2,6 — 24,9 мкЕд/мл.

Индекс инсулинорезистентности (HOMA IR):

Для лиц от 20 до 60 лет: 0 — 2,7.

Причины повышения

  • Повышение резистентности к инсулину.
  • Развитие инсулинорезистентности при следующих заболеваниях и состояниях:
    • сердечно-сосудистые заболевания;
    • сахарный диабет 2-го типа;
    • метаболический синдром;
    • ожирение;
    • синдром поликистозных яичников;
    • хронический вирусный гепатит;
    • хроническая почечная недостаточность;
    • стеатоз печени;
    • гестационный сахарный диабет;
    • патология гипофиза, надпочечников;
    • инфекционные, онкологические заболевания.

Причины понижения

  • Нормальные значения индекса IR-HOMA – отсутствие развития резистентности к инсулину.

Что может влиять на результат?

  • Время сдачи биоматериала на исследование;
  • прием лекарственных препаратов;
  • беременность.

«ЭпиВакКорона»: что мы знаем и чего не знаем

Ольга Матвеева

С декабря 2020 года вне рамок клинических испытаний началась вакцинация «ЭпиВакКороной» — препаратом, разработанным предприятием ГНЦ «Вектор» [1], — а в феврале планируется массовая вакцинация [2]. Сообщается, что у препарата 100-процентная иммунологическая эффективность [3]. Что это значит? Независимым экспертам или врачам про эту вакцину известно мало. Научных публикаций нет никаких. Вместо заявленной 100-процентной эффективности мы пока что имеем большую научную непрозрачность.

Итак, по порядку: что мы все-таки знаем? Роспотребнадзор сообщает [4]: «Вакцина представляет собой химически синтезированные пептидные антигены трех фрагментов S-белка вируса sars-cov-2, конъюгированные с белком-носителем и адсорбированные на алюминий-содержащем адъюванте».

s-белок — это шиповидный белок, он же спайк (spike-protein; в разных текстах его называют по-разному). Пептид — это фрагмент белка. В существующем патенте [5] описано семь пептидов шиповидного белка и несколько возможных белков-носителей. В интервью для СМИ разработчики сообщают, что в качестве носителя в вакцинной разработке используется вирусный нуклеокапсидный белок, продукт экспрессии в кишечной палочке [6]. Полный список пептидов шиповидного белка, их координаты, а также названия доменов и субъединиц, в которых они находятся, приведен в таблице ниже.

Пептиды шиповидного белка, представленные в патенте [5]
ID Координаты в белке Аминокислотная последовательность Домен Название домена Субъединица
NO: 1 34-53 RGVYYPDKVFRSSVLHSTQD NTD N-концевой S1
NO: 2 166-187 CTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFK NTD
NO: 3 403-428 RGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDD RBD Рецептор, связывающий домен
NO: 4 454-477 RLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGS RBD
NO: 5 626-644 DQLTPTWRVYSTGSNVFQTR SD1 Субдомен 1
NO: 6 1189-1209 KNLNESLIDLQELGKYEQYIK HR2 Гепта-повтор 2 S2
NO: 7 1179-1209 KEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIK HR2 Гепта-повтор 2

Какие три пептида из списка вошли в разработку «ЭпиВакКороны», неизвестно. Как сообщают РИА Новости, цитируя разработчиков, «вакцинные пептиды содержат прежде всего В-клеточные эпитопы, основным источником Т-клеточных эпитопов служит нуклеокапсидный белок» [6].

Что это значит? Попробуем разобраться. Прежде всего стоит объяснить, что эпитоп (он же антигенная детерминанта) — это часть макромолекулы (в нашем случае — вирусного белка или белка из вакцинного материала), которая распознаётся иммунными клетками. То есть это как раз то, что видит иммунная система, и то, что ей помогает понять, какие «приметы» можно различить у «чужеродного агента» (вируса). Не все части макромолекулы «видны» иммунной системе — к каким-то частям макромолекул она «слепа». С этим связана трудность создания пептидных вакцин: пептиды, используемые в качестве антигенных детерминант, не должны располагаться в областях вирусного белка, невидимых иммунному надзору.

Вирус SARS-CoV-2 устроен так, что нейтрализовать его могут только антитела к шиповидному белку. Антитела к нуклеокапсидному белку этого сделать не могут: этот белок находится внутри вирусной частицы, и антитела не могут с ним провзаимодействовать [7]; следовательно, он недоступен для антител в интактном вирусе. Тем не менее нуклео­капсидный белок в качестве антигена (чужеродного вещества) может помочь иммунному ответу (см. ниже). Рис. 1 схематично показывает состав вакцины «ЭпиВакКорона».

Рис. 1. Схема вирусной частицы и вирусных антигенов, которые находятся в «ЭпиВакКороне». В образе трех драконов представлен тример шиповидного белка; только этот белок торчит наружу из вирусной частицы в такой степени, что с ним могут взаимодействовать антитела, которые «цепляют» вирус. Все остальные белки находятся или внутри, полностью под липидной оболочкой вириона, или частично интегрированы в нее. Антитела на эти, другие белки все-таки образуются у переболевших ковидом, но не обладают защитными функциями

Таким образом, первостепенная задача пептидов шиповидного белка из вакцины «ЭпиВакКорона» — стимулировать выработку антител, способных опознать вирус и не дать ему зара­зить клетку; то есть в пептидах должны находиться видимые для иммунной системы «приметы врага» (вируса) — вирусные антигенные детерминанты. Другие разработчики вакцин решают эту проблему, используя полноразмерный шиповидный белок как антиген: в нем гораздо больше антигенных детерминант [8].

Многочисленные экспериментальные работы [9, 10, 11, 12] показывают, что только небольшая часть пептидов из вирусного шиповидного белка видна иммунной системе человека и может вызывать образование нейтрализующих антител. Эти области белка тщательно откартированы.

В интервью СМИ разработчики сообщают, что пептиды «ЭпиВакКороны» содержат В-клеточные эпитопы [6, 13]. Однако вышеописанные работы показывают, что шесть пептидов, описанных в патенте, расположены во фрагментах шиповидного белка, которые практически невидимы для иммунной системы человека, не могут являться В-клеточными эпитопами и не могут провоцировать производство нейтрализующих антител.

Поэтому к разработчикам вакцины возникают следующие вопросы: у какого процента людей каждый конкретный пептид из вакцины «Вектора» вызывает производство не просто антител, а именно нейтрализующих антител? У какого процента волонтеров, участников первой и второй фаз испытаний, возникают нейтрализующие антитела к каждому конкретному пептиду или хотя бы к одному из набора? Все ли пептиды из трех способны провоцировать выработку нейтрализующих антител? Проводились ли такие исследования по индивидуальным пептидам у людей, а не у кроликов? Нет ли среди трех пептидов, выбранных для производства вакцины, таких, которые представляют собой балласт и не работают ни у одного человека?

Согласно данным экспериментов, описанным в патенте [5], иммуногенность каждого отдельного пептида проверялась при иммунизации кроликов конъюгатом индивидуального пептида с белком-носителем. Однако в настоящий момент уже показано, что то, что в вирусном шиповидном белке лучше видно иммунной системе кролика [14], почти не видно иммунной системе человека [9, 10, 11, 12].

На вирусные белки в организме человека вырабатывается масса разных антител, однако лишь небольшая их часть способна нейтрализовать вирус. В то же время некоторые ненейтрализующие антитела всё же полезны в борьбе с инфекцией. Есть разные механизмы их вовлечения в процесс элиминации как вирусов, так и зараженных ими клеток из организма. Тем не менее именно способность вакцины вызывать производство нейтрализующих антител часто используется как первый (хотя и грубый) критерий оценки ее эффективности. По­этому хотелось бы знать, каковы титры антител на шиповидный белок у добровольцев — участников клинических испытаний. Пока что эти участники жалуются на отсутствие или на очень маленький титр выявляемых антител (см. ниже).

Стоит заметить, что у вируса SARS-CoV-2, как и у многих других вирусов, есть способ защиты от антител — он заключается в использовании гликанового щита, т. е. молекул полисахаридов, присоединенных к шиповидному белку. Такое присоединение называется гликозилированием: антителам трудно подобраться к участкам белка с присоединенными полисахаридами — их просто не пускает гликановый щит. Хочется заметить, что три пептида из описанных в патенте попадают в «опасную зону» гликозилирования [15]. Так, в белке гликозилируется 165-я аминокислота, а пептид ID NO: 2 начинается со 166-й аминокислоты — это рядом! Кроме того, в шиповидном белке гликозилируется 1194-я аминокислота, которая находится прямо в середине пептидов ID NO: 6 и ID NO: 7. Иными словами, даже если пептиды ID NO: 2, ID NO: 6, ID NO: 7 и спровоцируют выработку антител, то эти антитела, скорее всего, «упрутся» в гликановый щит, при этом они вряд ли смогут нейтрализовать вирус или причинить ему вред другим путем.

Кроме пептидов шиповидного белка, в «ЭпиВакКорону» входит химера вирусного нуклеокапсидного и бактериального белка, связывающего сахар мальтозу. По замыслу разработчиков такой химерный белок должен провоцировать Т-клеточный ответ. Действительно, из литературы [16] известно, что вирусный нуклеокапсидный белок способен стимулировать образование Т-лимфоцитов, распознающих в нем многие эпитопы.

Разработчики заявляют: «Через 5–6 недель после вакцинации у большей части добровольцев, привитых вакциной… наблюдалась индукция выраженного специфического Т-клеточного иммунного ответа, что было обнаружено при анализе клеток крови добровольцев при стимуляции вирусными антигенами в экспериментах ex vivo». Будем надеяться, что разработчики не ограничатся заявлениями, а опубликуют соответствующие наблюдения.

Теперь посмотрим, что происходит с преклиническими и клиническими исследованиями. Краткая схема, суммирующая информацию о сроках проведения этих исследований, показана на рис. 2.

Рис. 2

Увы, тут можно только посетовать: вакцина уже введена в гражданский оборот, а публикаций нет никаких, первая и вторая фазы испытаний не закончены. В настоящее время идет третья фаза испытаний, планируется участие трех тысяч человек. При этом трудно представить, как на такой небольшой выборке можно будет оценить протективность вакцины, а именно разницу в заболеваемости между теми, кто получил прививку, и теми, кто получил плацебо.

Увы, маленький размер группы доб­ровольцев — это только одна из проблем третьей фазы испытаний «ЭпиВакКороны». Есть и другие. Добровольцы — участники испытаний объединились в группу [17] и написали коллективное открытое письмо, адресованное Минздраву, Роспотребнадзору и другим ведомствам [18]. Я цитирую: «Мы самостоятельно и за свой счет проверяем у себя уровень антител, однако все полученные результаты ниже референсного значения. „Вектор“ утверждает, что определить нужные антитела можно только их тест-системой, но держит ее в тайне. В такой ситуации возникают сомнения в эффективности вакцины у многих участников исследования и у тех, кто уже успел получить вакцину в рамках гражданской вакцинации. 33% от числа документально подтвердивших свое участие в исследовании сдали такие тесты, и у всех получены отрицательные анализы на антитела (против коронавируса)».

На это письмо уже был получен ответ [19], в котором к использованию рекомендуются тест-системы для иммуноферментного выявления антител к белкам коронавируса SARS-CoV-2 [20]. В письме также говорится: «…проведение… клинических исследований в условиях получения рядом вакцинных препаратов разрешения на применение в Российской Федерации в рамках гражданского оборота создает сложную этическую и научную проблему продолжения контролируемых слепых рандомизированных исследований».

С вышеизложенными утверждениями в ответе Роспотребнадзора трудно не согласиться. У «ЭпиВакКороны» на пути к тому, чтобы стать высококачественным препаратом, хорошо защищающим от вирусной инфекции и вызывающим доверие у специалистов, много серьезных препятствий и проблем, требующих нетривиальных решений. Всё же хотелось бы надеяться, что соответствующая вакцинная разработка станет прозрачнее для общественной и научной экспертизы, а разработчикам удастся в ближайшее время не только опубликовать результаты своих наработок, но и найти надежный способ оценки протективной эффективности этой вакцины против covid-19 у людей.

Ольга Матвеева,
молекулярный биолог

Благодарность

Автор выражает глубокую благодарность кандидатам биологических наук Елене Кудрявцевой и Алексею Вольфсону за внимательное прочтение текста и конструктивную критику.

  1. Третьякова Е. А. В Ростовской области началась вакцинация «ЭпиВакКороной» // Официальный портал Правительства Ростовской области. 25 декабря 2020 года.
  2. Масштабное производство вакцины центра «Вектор» начнется с февраля // Интерфакс. 18 января 2021 года.
  3. В Роспотребнадзоре заявили о 100%-ной иммунологической эффективности «Эпиваккороны» // ТАСС. 19 января 2021 года.
  4. ТОП-20 вопросов о вакцине ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» // Роспотребнадзор. 27 января 2021 года.
  5. Рыжиков А. Б. и др. Патент RU-2738081. Пептидные иммуногены и вакцинная композиция против коронавирусной инфекции COVID-19 с использованием пептидных иммуногенов. Дата регистрации: 7 декабря 2020 года.
  6. Что ждать от «ЭпиВакКороны». Все о пептидной вакцине против COVID-19 // РИА-новости. 22 января 2021 года.
  7. Poland G. A et al. SARS-CoV-2 immunity: review and applications to phase 3 vaccine candidates // The Lancet. 2020. V. 396. P. 1595–1606.
  8. Barnes C. O. SARS-CoV-2 neutralizing antibody structures inform therapeutic strategies // Nature. 2020. V. 588. P. 682–687.
  9. Zhigang Yi et al. Functional mapping of B-cell linear epitopes of SARS-CoV-2 in COVID-19 convalescent population // Emerging Microbes and Infections. 2020. P. 1988–1996.
  10. Chek M. P. et al. Two linear epitopes on the SARS-CoV-2 spike protein that elicit neutralizing antibodies in COVID-19 patients // Nat Commun. 2020. 11.
  11. Yang Li et al. Linear epitopes of SARS-CoV-2 spike protein elicit neutralizing antibodies in COVID-19 patients // Cell Mol. Immunol. 2020. P. 1–3.
  12. Farrera-Soler L. Identification of immunodominant linear epitopes from SARS-CoV-2 patient plasma // PLOS One. 2020. 15(9): e0238089.
  13. Пичугина Т. Что ждать от «ЭпиВакКороны» // Sputnik-news. 22 января 2021 года.
  14. Ravichandran S. et al. Antibody signature induced by SARS-CoV-2 spike protein immunogens in rabbits // Science Translational Medicine. 2020. V. 12. Iss. 550, eabc3539.
  15. Watanabe Y. et al. Site-specific glycan analysis of the SARS-CoV-2 spike // Science. 2020. V. 369. Iss. 6501. P. 330–333.
  16. Le Bert N. et al. SARS-CoV-2-specific T cell immunity in cases of COVID-19 and SARS, and uninfected controls // Nature. 2020. 584. P. 457–462.
  17. Неофициальная гражданская группа по вакцинации от COVID-19 «ЭпиВакКороной» в «Телеграме» t.me/epivakorona, epivakorona.com/
  18. Разрешение этической дилеммы плацебников «Вектора»: открытое письмо в Роспотребнадзор. 18 января 2021 года.
  19. Роспотребнадзор открыт к диалогу с участниками клинических испытаний вакцины «ЭпиВакКорона». 19 января 2021 года.
  20. Центр молекулярной диагностики ЦНИИ эпидемиологии открывает тестирование на поствакцинальный иммунитет // Роспотребнадзор. 19 января 2021 года.

Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите фрагмент текста и нажмите Ctrl+Enter.

См. также:

Надежный поставщик

ЧИСТЫЙ СПОРТПИТ 
Справедливая цена на спортивное питание.


ВЫГОДА: 
Легко и выгодно экономить!
Чистое спортивное питание  — это разумный способ экономии (более 40% от Ваших затрат на спортивное питание) для спортсменов, которые не согласны переплачивать за  упаковку, красители и другие, не влияющие на результат, примеси.
Сколько Вы переплачиваете за баночный спортпит — можно посчитать здесь: Калькулятор

ГАРАНТИИ:
Надежный поставщик с 2014 года.
Более 7 /семь/ лет поставляем спортсменам проверенный и качественный сывороточный протеин и аминокислоты, которые используется для производства спортивного и детского питания.
Отправка Ваших заказов в течении 24 часов после оплаты. 
Нужен наложенный платеж? Заказывайте!
Проверить возраст сайта можно здесь: Проверка сайта

КАЧЕСТВО:
Мы предлагаем Вам только оригинальный товар.
Вы можете ЛИЧНО приехать к нам в офис, убедиться в оригинальности продукции и купить товар, который есть в наличии на региональном складе г. Пермь. 
Продукция следующих заводов-производителей: Lactoprot (Германия), Hochdorf (Швейцария), Promilk (Франция), Wirud (Германия), LACTALIS Ingredients (Франция), Arla (Дания), Пептиды (NANOX) и т.д.
      
Более 2500 клиентов России, которые уже оценили выгоду:
Магадан, Киров, Пермь, Краснодар, Екатеринбург, Санкт-Петербург, Казань, Сыктывкар, Сургут и другие города. 
Нас рекомендуют друзьям и своим близким — отзывы о работе нашего магазина: Отзывы

11 российских марок уходовой косметики, к которым стоит присмотреться

Я обожаю локальные бренды: чаще всего их средства дешевле раскрученных и к тому же существенно снижают мой углеродный след.

Вика Лобанова

нашла идеальный крем

В этот список я включила 11 российских марок уходовой косметики, о которых мало кто знает: они не дают рекламу и не сильно тратятся на дизайн, зато выпускают рабочую косметику на каждый день.

1753 Cosmetics

Кратко: основной уход с самым модным бьюти-ингредиентом 2019 года — маслом семян конопли.
Подробнее: на официальном сайте

В масле конопли нет каннабиноидов: конопля, из семян которой его получают, — культура сугубо техническая, поэтому ничего запретного в этом продукте нет.

У hemp seed oil — так масло обозначают в списке ингредиентов — нет аналогов в косметическом мире. Это самое сухое из всех жирных масел, оно максимально близко по составу к себуму — кожному салу, а по антибактериальному эффекту сравнимо с салициловой кислотой, но не сушит кожу. У конопляного масла огромный потенциал, с которым пока работает не так много местных брендов: кроме 1753 Cosmetics интересные продукты выпускает hempbeauty.

Интересный факт. Основатели 1753 Cosmetics не просто делают кремы, а возрождают культуру: они купили бывший пеньковый завод под Пензой вместе с плантацией, где исторически росла конопля. Масло на этом заводе делают из сортов, выведенных еще советскими селекционерами.

Что покупать:
🌱 крем для рук, 70 мл — 450 Р
🌱 бальзам для поврежденной кожи, 30 мл — 650 Р
🌱 масло для лица, 50 мл — 650 Р

Elska

Кратко: Lush по-петербургски — веганская косметика без пластиковой упаковки
Подробнее: на официальном сайте

Марки вроде Elska созданы для веганов, последователей zero waste и других минималистов. Конкретно у Elska к косметике два простых требования: веганский состав и экоупаковка, а лучше — полное ее отсутствие.

Без упаковки — то есть без туб с дозатором и флаконов с помпами — можно сделать не так много уходовых продуктов, но у марки получились и твердые шампуни с кондиционерами для волос, и баттеры для тела, и бальзамы для рук. Часть косметики — с воском в основе — выпускается в жестяных баночках: это сухие духи, бальзам для губ, воск для бровей. После использования баночки можно заполнить заново или вернуть в производство.

Интересный факт. В рамках каждой линии средства отличаются не столько составом, сколько эфирными маслами, отдушками и цветом — за это веганскую косметику обычно не любят аллергики. Для них у Elska есть отдельная линия Pure для чувствительной кожи — составы очищены от всех потенциальных аллергенов, а сами продукты белые и ничем не пахнут.

Что покупать:
🌱 твердый шампунь «Космический», 55 г — 400 Р
🌱 твердый кондиционер «Моринга и шалфей», 60 г — 390 Р
🌱 баттер для тела «Банан и бабл-гам», 60 г — 350 Р

Nano Organic и Jurassic Spa

Кратко: функциональная натуральная косметика с органическим сертификатом ECOCERT
Подробнее: на официальном сайте Nano Organic и Jurassic Spa

В косметике этих брендов нет ни единого синтетического компонента, зато максимум пользы из глины, солей, водорослей, фруктовых кислот и масел.

Jurassic Spa и Nano Organic — две марки уходовой косметики, в которой от 92 до 100% состава приходится на сертифицированные органические компоненты. Если Jurassic Spa больше специализируется на коже, то Nano Organic сильны продуктами для восстановления волос.

Производитель подробно объясняет, что и как работает: против воспалений — азелаиновая кислота, для увлажнения — конопляное масло, для отбеливания кожи — арбутин, для ускорения клеточного обмена — L-карнитин.

Интересный факт. Обе марки основала биофизик Наталья Попова. Кроме ведения бизнеса она успевает делать толковые разборы косметических составов в инстаграме: подписчики присылают ей списки ингредиентов, не называя бренд, а Наталья понятно объясняет, на что реально способен такой продукт.

Что покупать:
🌱 маска для сухих и поврежденных волос Nano Organic, 300 мл — 539 Р
🌱 кондиционер для сухих волос Nano Organic, 270 мл — 379 Р
🌱 крем для лица «Антистресс» Jurassic Spa, 50 мл — 699 Р

БиоБьюти

Кратко: «сухая» косметика из Новосибирска
Подробнее: на официальном сайте

В каждое косметическое средство производитель заложил цеолит — пористый вулканический минерал, похожий на пемзу. Для изготовления косметики цеолит перемалывают в пудру и смешивают с другими измельченными минералами, глиной, солями, микроэлементами и растительными экстрактами.

Получаются порционные порошки, которые нужно разбавлять водой перед нанесением. В таком формате выходит «БиоЧистка» — бестселлер марки, 30-секундная маска с немыслимым очищающим эффектом, — биомаски для волос, скрабы и тоники для лица, зубные порошки.

Интересный факт. Марка зародилась буквально в бане: в 1993 жена профессора Станислава Габуды, который исследовал свойства цеолитов, сделала скраб из этого минерала. Эффект был настолько очевиден, что муж вместе со своей коллегой — Натальей Лесновой — принялись исследовать косметические свойства цеолита. В результате в соседнем от Новосибирского академгородка Бердске заработала лаборатория «ЛН-Косметикс», в которой разработали «БиоБьюти» и другие марки: например, косметику для волос «Фитоника», скрабы Fresh Face, пудры и тон «Кристалл Декор», антивозрастную линию «Секрет красоты».

Что покупать:
🌱 скраб, 3 г — 115 Р
🌱 пробники биочистки и биомаски 12 г — 160 Р
🌱 биомаска для волос № 1, 150 г — 990 Р

Booster Bar

Кратко: концентрированные сыворотки, заменяющие несколько флаконов
Подробнее: на официальном сайте

В 2016 году в бьюти-мире разучили новое слово — бустеры. В основном так называют сыворотки и другие концентраты для решения одной из проблем кожи, например покраснений или чрезмерной сухости.

Такими концентратами занялась и петербургская марка Booster Bar. Их бустеры — самостоятельные продукты, которыми предлагается заменить весь специальный уход или смешивать с кремами и тониками, усиливая их действие. Марка обещает результат за два месяца — за счет муцина, пептидов, гиалуроновой кислоты, ниацинамида, пантенола, концентрата алоэ и других проверенных компонентов.

Интересный факт. У Booster Bar, кроме любопытных составов, необычная упаковка с дозатором-шариком, которая помогает добывать ровно по одной-две капли средства. Если отправить упаковку обратно производителю, на следующую покупку дадут скидку 20%, то есть 600—700 Р.

Что покупать:
🌱 бустер с муцином и пептидами, 35 мл — 3180 Р
🌱 бустер для атопичной кожи, 35 мл — 3180 Р
🌱 бустер-миорелаксант, 35 мл — 3290 Р

Термальный источник

Кратко: воды и грязи из Горячего Ключа
Подробнее: на официальном сайте

Компания «Пенталис», которая стоит за «Термальным источником», выпускает косметику с 2000 года, но только недавно превратила линию ухода с термальной водой и лечебными грязями в отдельный бренд.

Эта косметика производится в Краснодарском крае, в непосредственной близости от источника № 102 в Горячем Ключе, вода из которого и занимает первое место в составе всех средств. Продукты продаются преимущественно в санаториях, салонах красоты и спа-отелях, но купить их можно и самостоятельно.

Кроме очевидных грязевых масок и бальзамов для тела у «Термального источника» есть неожиданные для российского рынка продукты: например, BB-крем для ног, сухое солнцезащитное масло-спрей, улиточный гель для лица и тела.

Интересный факт. На ассортимент «Источника» сильно влияет близость города-курорта, поэтому марка особенно сильна косметикой на лето. Тут можно купить все, что нужно до, во время и после загара, а еще парфюмированные лосьоны для тела (бобы тонка + ваниль, лиммет + морская соль) и масла с сияющей минеральной пудрой из слюды.

Что покупать:
🌱 грязевая маска для лица, 200 мл — 590 Р
🌱 крем-пилинг с AHA-кислотами, 100 мл — 590 Р
🌱 шампунь с кератином, 200 мл — 350 Р

Chom Chom

Кратко: дезодорант без алюминия в биоразлагаемой упаковке.
Подробнее: на официальном сайте

У этой московской марки всего один продукт — натуральный дезодорант без солей алюминия.

Соли алюминия из обычных промышленных дезодорантов предположительно могут накапливаться в тканях и провоцировать рак груди. Это не доказано, однако многие люди на всякий случай ищут альтернативы.

Chom Chom не блокирует потоотделение, а работает только с запахом — за это отвечают эфирные масла пиона и грейпфрута. Есть и продукт совсем без аромата — его особенно хвалят кормящие матери. Дезодоранты не оставляют следов и не тестируются на животных.

Интересный факт. Обычно натуральные дезодоранты продаются в виде кристаллов-квасцов (тоже содержат алюминий), но ими не очень удобно пользоваться, поэтому Chom Chom придумали экологичную упаковку-стик из плотного картона.

Что покупать:
🌱 дезодорант «Без запаха», 60 мл — 1000 Р
🌱 дезодорант «Пион», 60 мл — 1000 Р
🌱 два разных дезодоранта по 60 мл — 1500 Р

Myrica

Кратко: дерматологический уход для проблемной кожи лица и головы
Подробнее: на официальном сайте

В московской лаборатории Myrica разрабатывают профессиональный уход за проблемной кожей лица и головы.

Вся косметика выходит сериями: «Себумин» — для жирной кожи, склонной к акне, «Атокальм» — для сухой, «Идерил» — против зуда, перхоти и себореи, «Фибросилк» — для поврежденных волос. Отдельного внимания заслуживают SOS-средства для лица, волос и ног, причем ни в одном из них нет силиконов, парабенов, сульфатов и других компонентов, которых избегают любители всего натурального.

Интересный факт. Свое имя марка получила в честь кустарника восковницы, латинского название которого так и звучит — myrica.

Что покупать:
🌱 крем для лица с церамидами «Атокальм», 50 мл — 1460 Р
🌱 бальзам для волос с аминокислотами «Фибросилк», 150 мл — 750 Р
🌱 крем для экстремально сухой кожи стоп «Уреамит», 50 мл — 740 Р

Smorodina

Кратко: экокосметика с Южного Урала с большим будущим
Подробнее: на официальном сайте

Химик-технолог Анастасия Семенова делает в Магнитогорске натуральную уходовую косметику из европейского сырья. Большая часть продуктов — уважаемые в инстаграме альгинатные маски, масляные сыворотки, скрабы с эфирными маслами и массажные свечи в жестяных баночках.

Но интересны не столько симпатичные флаконы для украшения ванной, сколько продукты, разработанные с нуля: полностью натуральный энзимный уход — отшелушивание с помощью папаина, сравнимое по эффекту с кислотными средствами, — увеличивающиеся на глазах мусс-маски с гидратированным кремнеземом, профессиональные пасты для шугаринга разной плотности. В планах бренда — выпуск средств для волос и декоративной косметики.

Интересный факт. Smorodina параллельно с производством косметики разрабатывает экологичную упаковку для масок на замену дой-пакам — пакетам на застежке, в которые сейчас упаковывают скрабы и соли абсолютное большинство российских марок.

Что покупать:
🌱 энзимная пудра для умывания, 30 г — 720 Р
🌱 мусс-маска с алоэ, 6 г— 499 Р
🌱 гидрофильное масло с календулой, 100 мл — 569 Р

Self Cosmetics

Кратко: волшебная грязь из Тюменской области
Подробнее: на официальном сайте

Self Cosmetics основала Дарья Бубнова, когда нашла в Сибири редкую лечебную грязь. Называется она сапропель и представляет собой донные отложения пресных водоемов.

Нужная грязь добывается в 20 км от Тюмени — в озере Тараскуль. Ингредиент настолько необычный, что у марки практически нет конкурентов. Но Дарья пошла дальше и начала выпускать косметику с другими компонентами: скваланом, фруктовыми кислотами, аминокислотами, муцином, гиалуроновой кислотой, пептидами, ниацинамидом.

Продукты выстраиваются в понятную систему: для умывания — гидрофильное масло, для тонизирования — тоник, для увлажнения — сыворотка и крем, а для спецухода — знаменитые маски.

Интересный факт. Перед запуском в продажу все новые продукты тестирует фокус-группа, поэтому в линейке Self Cosmetics просто не бывает провальных или бессмысленных средств.

Что покупать:
🌱 крем-маска сапропелевая «Иван-чай и лаванда», 100 мл — 430 Р
🌱 тоник с AHA-кислотами 7%, 100 мл — 510 Р
🌱 сыворотка противовоспалительная с маслом чаульмугры, 30 мл — 660 Р

Красота от макушки до кончиков пальцев

В нашем лайфстайл-инстаграме часто советуем хорошую уходовую косметику. Вот что точно пригодится:

Подписывайтесь на @t_gorod.

Пептидный калькулятор

Пептидный калькулятор — один из наиболее полезных инструментов для пептидных химиков для расчета молекулярной массы пептидов и др. С помощью калькулятора пептидов и его простого использования химики-пептиды могут иметь доступ к калькулятору молекулярной массы пептидов и калькулятору аминокислот, изоэлектрической точки, калькулятору чистого заряда пептида при нейтральном pH, средней гидрофильности, процентному содержанию гидрофильных аминокислот, график зависимости чистого заряда от pH и калькулятор гидрофобности, отображаемый на графике.

Для расчета различных характеристик пептида калькулятор пептидов будет применять формулы, описанные ниже:

Для калькулятора молекулярной массы пептида и калькулятора молекулярной массы аминокислот используется следующая формула:

M : Молекулярная масса аминокислотной последовательности

Mn : Молекулярный вес N-конца

Mc : Молекулярный вес С-конца

Ni : Количество аминокислотных остатков

Mi : Молекулярная масса аминокислотных остатков

Для калькулятора молекулярной массы аминокислот вы можете ввести одно- или трехбуквенный код нужной аминокислоты, и инструмент предоставит значение так же, как при вычислении молекулярной массы пептида.

Расчет чистого заряда пептидов при заданном pH основывается на следующей формуле:

Z : Чистый заряд пептидной последовательности

Ni : количество остатков аргинина, лизина и гистидина и N-конец

pKai, pKa : значения N-конца и остатков аргинина, лизина и гистидина

Nj : Количество остатков аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина и тирозина и С-конец

pKaj, pKa : значения С-конца и остатков аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина и тирозина

pH : значение pH

Значения pKa для цистеина (pKa = 8.33), аспарагиновая кислота (pKa = 3,86), глутаминовая кислота (pKa = 4,25), гистидин (pKa = 6,0), лизин (pKa = 10,53), аргинин (pKa = 12,48), тирозин (pKa = 10,07), N- концевой (pKa = 9,69) и C-концевой (pKa = 2,34) основаны на Принципах биохимии, Lehninger (1982).

Калькулятор изоэлектрической точки обеспечивает значение pH, при котором чистый заряд пептида равен нулю. Изоэлектрическая точка рассчитывается приближенно (точность ± 0,01).

Расчет средней гидрофильности пептида основан на данных Hopp & Woods.Значение гидрофильности для каждой аминокислоты в пептидной последовательности указано на гистограмме. Отношение гидрофильных остатков к общему количеству аминокислот указано в%.

Для получения дополнительной информации о пептидном калькуляторе, пожалуйста, прочтите наш подробный документ.

Калькулятор свойств пептидов

Чтобы использовать этот калькулятор, вы должны использовать Netscape 2.0 или более позднюю версию
. или Internet Explorer версии 3.0 или новее, или другой браузер с поддержкой Javascript
Эта страница написана на Javascript.

Участок гидропатии


Графики гидропатии позволяют визуализировать гидрофобность по длине пептида. последовательность. Шкала гидропатии, основанная на гидрофобных и гидрофильных свойства 20 аминокислот. Движущееся «окно» определяет суммарную гидропатию в каждой точке. в последовательности (координата Y). Затем эти суммы наносятся на график против их соответствующих позиций. (Координата X). Такие графики полезны для определения гидрофобных внутренних частей глобулярных белки, а также определение покрывающих мембран областей мембраносвязанных белков.
В этом расчете размер окна является переменным, что позволяет пользователю изменять чувствительность. расчета. Окна меньшего размера дают более «шумный» график, чем окна большего размера. Окно Кайт и Дулиттл обнаружили, что размеры между 7-11 остатками максимизируют информативность сюжеты. Рекомендуется, чтобы длина пептида была больше, чем в два раза больше размера окна, чтобы получить любую полезную информацию. из сюжета «Гидропатия».
Ссылка: Kyte and Doolittle Jol Mol.Bio. (1982) 157 105-132 .

Коэффициент затухания


УФ-спектрофотометрия — полезный инструмент для определения концентрации белка. в растворе. Чтобы воспользоваться этим методом, необходимо точное измерение коэффициент экстинкции интересующего белка (молярное поглощение коэффициент). Используемые анализы включают расчет сухой массы, спектральные методы и колоримические методы (тесты Брэдфорда и Лоури).Эти методы работают хорошо, но требуют довольно большого количества белка, но все же современные методы секвенирования белков позволяют нам использовать данные о последовательностях для определить коэффициенты экстинкции.

Предположения:
Основное предположение — спектральный вклад тирозина, триптофан и цистин при 280 нм существенно не отличаются в нативной форме белка по сравнению с денатурированной формой. Расчет основан на модели Эдлехоха, в которой белки рассмотрено в 6M денатурирующий раствор гидрохлорида гуанидиния (Gdn-HCl), который позволил для сопоставления нативной и денатурированной форм.Другое предположение состоит в том, что белок не содержит других хромофоров (таким образом, те белки, которые содержат протезные группы, поглощающие УФ и видимую части спектра, не могут быть измерено с использованием этого расчета).

Расчеты следующие:
E M, Gdn-HCl = aE M, Tyr + bE M, Trp + CE M, Cys
Где a, b, c — количество остатков тирозина, тритофана и цистина на моль белок и остаток E — молярная степень экстинкции остатка на используемой длине волны (280 нм).Чтобы получить коэффициент экстинкции нативный белок Закон Пива используется:
Abs Gdn-HCl / E M, Gdn-HCl = C Den
, что эквивалентно нативному белку
Abs nat / E nat = C nat
поскольку экспериментальные условия устанавливают концентрации как денатурация и нативная форма равны. Таким образом, объединение приведенных выше уравнений позволяет получить экстинкцию коэффициент нативной формы:
(Abs nat ) (E M, Gdn-HCl ) / (Abs M, Gdn-HCl ).Ссылка: Gill and von Hipple Anal Biochem 182,319-326 (1989)
Коэффициенты экстинкции при 280 нм
Остаток Моль -1 см -1
Трп 5690
Тир 1280
Cys 120
В 6,0 М гидрохлориде гуанидия, 0,02 М фосфатном буфере, pH 6,5.
Ссылка: Gill and von Hipple Anal Biochem 182,319-326 (1989)

Объем

Объем пептида можно оценить по молекулярной массе пептид и средний частичный удельный объем белка.Частичный удельный объем белок — это соотношение между его объемом и молекулярной массой.

Предположения:
Среднее значение экспериментально определенных частичных удельный объем растворимых глобулярных белков составляет примерно 0,73 см 3 / г (среднее экспериментальных значений для 13 растворимых белков). Это значение варьируется от белка к белку, но диапазон довольно узкий, между 0.70 и 0,75 см 3 / г.

Простой расчет начинается с

0,73 см 3 / г x 10 24 А / см 3 x молекулярная масса г / моль
————————————————— ————
6,02 x 10 23 молекул / моль


и приводит к объему белка приблизительно:
(1,21 x MW) A 3 / молекула
Это дает разумную оценку для общего использования.Недавняя ссылка что касается частичные удельные объемы: Harpaz, Gerstein and Chothia (1994) Структура 2, 641-649 (выпуск от 15 июля).

Таблица аминокислот

Аминокислота Трехбуквенный код Однобуквенный код Молекулярный вес1 Гидропатия2
Аланин Ала А 89.09 6,3
Цистеин Cys С 121,16 7,0
аспартат Асп D 133,10 1,0
глутамат Glu E 147,13 1.0
фенилаланин Phe F 165,19 7,2
Глицин Gly G 75,07 4,1
Гистидин Его H 155,16 1,3
изолейцин Иль I 131.18 9,0
Лизин Lys К 146,19 0,6
лейцин Leu л 131,18 8,2
метионин Мет M 149,21 6.4
аспарагин Asn N 132,12 1,0
Пролин Pro 115,13 2,9
Глютамин Gln Q 146,15 1,0
Аргинин Arg R 174.20 0,0
Серин Ser S 105,09 3,6
Треонин т 119,12 3,8
Валин Вал В 117,15 8.7
Триптофан Трп Вт 204,23 3,6
тирозин Тир Y 181,19 3,2
Асарагин или аспарагиновая кислота Asx B 132,61 1,0
Глютамин или глутаминовая кислота Glx Z 146.64 1,0

Калькулятор пептидов

Обзор

Peptide Calculator — это новое полнофункциональное приложение для расчета свойств полипептидов, которое работает на всех мобильных устройствах (iOS, Android, Windows) и настольных компьютерах (ПК, Mac, Linux), разработанное с нуля для простоты использования химиками-пептидами. Несмотря на то, что существуют простые программы расчета пептидов, ни одна из них не предлагает широкий спектр функций, переносимость и удобство использования пептидов.

Пептидный калькулятор имеет современный графический пользовательский интерфейс с сенсорным вводом на портативных устройствах и может похвастаться непревзойденным интуитивным редактированием последовательностей; можно использовать как с подключением к Интернету, так и без него; обеспечивает обновление расчетов в реальном времени без отправки ввода в веб-форму или необходимости ждать ответов сервера. Определяющей и уникальной особенностью пептида.io является функция DeltaMass, которая выявляет ошибки в синтезе на основе масс-спектральных данных и во многих случаях предоставляет корректирующие действия или советы.


Ввод

  • Ввод 159 различных аминокислот

  • Важнейшие модификации N- и C-клемм

  • Интуитивно понятные элементы управления для настольных и мобильных устройств для редактирования последовательности

  • Копирование и вставка последовательностей

  • Ввод смешанного однобуквенного кода и полного имени

  • наблюдения eltaMass, +/- диапазон

  • Избыток реагентов, шкала

  • Запуск с предопределенными значениями для:

Выход

  • Анализ DeltaMass: усечения, удаления, лабораторные наблюдения

  • Ионы электрораспыления

  • Эмпирическая формула

  • Изоэлектрическая точка

  • Изотопная и средняя масса

  • Расчет использования реагента

  • Фрагментные ионы: b, y

  • Потенциал агрегации (используется для прогнозирования регионов синтетической сложности)

  • Загрузка всего набора данных, используемого приложением, с помощью Ctrl + X

Help — Калькулятор пептидов

Peptide Calculator — это калькулятор химических формул и молекулярной массы пептидов, а также инструмент для определения пиков MS.

Пептидные последовательности вводятся с использованием стандартных однобуквенных кодов с заглавной буквы. Также поддерживаются различные нестандартные многобуквенные коды аминокислот, которые следует заключать в круглые скобки, например:

GVLYVG (pS) K (pT) KEGVVHGVA

N- и C-конец можно выбрать из предопределенных списков. Калькулятор пептидов также принимает пользовательские окончания, введенные в виде химических формул.

Пики

MS для назначения могут быть представлены в виде списка, разделенного запятыми, и калькулятор пептидов попытается назначить их последовательностям делеций и / или аддуктам.

Для каждой введенной пептидной последовательности автоматически создается файл ChemDraw, который можно загрузить по ссылке на странице результатов. Возможно, потребуется увеличить размер документа, чтобы просмотреть полную структуру.

По возможности, калькулятор пептидов также предоставит расчетные значения изоэлектрической точки и молярного коэффициента экстинкции для вашей последовательности, а также рассчитанный профиль сложности последовательности.

Предопределенные концы и остатки, поддерживаемые в настоящее время, приведены ниже (с химическими формулами).При наведении курсора на подчеркнутые коды остатков отображаются молекулярные структуры.

Расчетные функции калькулятора пептидов также можно использовать в Microsoft Excel, дополнительную информацию см. На странице надстройки.

Комментарии, вопросы, запросы об остатках и отчеты об ошибках присылайте по адресу:

Теоретические изоэлектрические точки рассчитываются с использованием алгоритма метода деления пополам, описанного Лукашем Козловским (http://isoelectric.org/).

Молярные коэффициенты поглощения оцениваются с использованием уравнения, описанного Pace et al. ( Protein Sci. , 1995, 4 , 2411).

Показатели склонности к бета-цепям рассчитываются с использованием реализации алгоритма SALSA, описанного Zibaee et al. ( Protein Sci. , 2007, 16 , 906), в котором используются параметры Chou-Fasman (P. Y. Chou and G. D. Fasman, Biochemistry , 1974, 13 , 211). Нестандартные остатки не учитываются при расчете сложности последовательности.

Pep-Calc.com: набор веб-утилит для расчета свойств пептидов и пептоидов и автоматического назначения масс-спектральных пиков.

Калькулятор пептидов и калькулятор пептоидов используют базу данных, каждая из которых содержит либо аминокислоты, либо строительные блоки пептоидов, определенные по остатку коды (одно- или многобуквенные) и соответствующие молекулярные формулы. Молекулярные массы рассчитываются по таблице атомных масс (наиболее распространенный изотоп).Ниже описаны методы, используемые для получения других рассчитываемых параметров. Все функции Pep-Calc.com написаны с использованием расширяемой инфраструктуры, написанной на языке программирования Python, а доступ к сайту осуществляется через веб-интерфейс HTML. Формулы остатков могут быть добавлены в любую базу данных по запросу.

Расчет изоэлектрической точки и молярного коэффициента экстинкции

Теоретические изоэлектрические точки пептидов рассчитываются с использованием метода деления пополам, описанного Козловским [17–19].{pH — pK_a}} $$

(1)

Поскольку изоэлектрическая точка (pI) представляет собой pH, при котором чистый заряд пептида равен нулю, нахождение корня этого уравнения (в данном случае численно с использованием метода деления пополам) дает pI (или pH при нулевом заряде).

Пептидный калькулятор учитывает вклады заряда боковой цепи от остатков Arg, Asp, Cys, Glu, His, Lys и Tyr в дополнение к N-концевым аминным и C-концевым карбоксильным группам (только если для типов концов заданы значения «Немодифицированный» и «Кислый» соответственно).Остальные боковые цепи остатков не учитываются при оценке pI и обозначены как «Другое» на круговой диаграмме суммарного заряда.

Коэффициенты молярной экстинкции оцениваются по формуле. (2), описанный Pace et al. [20]. Формула учитывает количество остатков Trp и Tyr в пептиде (\ (n_ {Trp} \) и \ (n_ {Tyr} \) соответственно) в дополнение к количеству остатков цистина (\ (n_ { цистин} \)), образованный за счет образования дисульфидной связи между парами боковых цепей цистеина (восстановленные остатки цистеина не вносят значительного вклада в оптическую плотность выше 275 нм [20]).{-1} = 5500n_ {Trp} + 1490n_ {Tyr} + 125n_ {cystine} $$

(2)

Пептидный калькулятор выводит два значения для \ (\ varepsilon _ {280} \), вычисляя теоретический коэффициент молярной экстинкции на основе образования максимально возможного количества дисульфидных связей (\ (n_ {cystine} \), равного количеству остаток цистеина пар ()), или полное восстановление, приводящее к отсутствию дисульфидов (\ (n_ {cystine} = 0 \)).

Автоматическое назначение масс-спектральных пиков

Введенные пользователем значения m / z назначаются в процессе, кратко описанном в блок-схеме, представленной на рис. 4. Pep-Calc сначала составляет списки возможных делеций одной аминокислоты и единичные модификации (металлические аддукты и не удаленные защитные группы), включая нулевые записи для отсутствия удаления или отсутствия модификации. Затем создается полный набор комбинаций этих списков и вычисляется молекулярная масса пептида / пептоидной последовательности, включающая каждую комбинацию одной делеции и / или одной модификации.Затем каждый входной пик сравнивается со списком молекулярных масс, и пик присваивается конкретному пептиду, если он находится в пределах ± 1,0 ед. От расчетной молекулярной массы пептида.

В случае, если все входные пики не назначены на первом проходе, Pep-Calc вычисляет молекулярные массы для всех комбинаций пептидов / делеций / модификаций, включающих одиночные делеции или двойные и одиночные или двойные модификации , и проверяет оставшиеся пики против них (исключая уже назначенные пики).Этот процесс повторяется до тех пор, пока не будут присвоены все пики, или пока не будет проверено максимально допустимое количество удалений / модификаций. Чтобы предотвратить чрезмерное время вычислений, максимальное количество удалений / модификаций зависит от длины последовательности и установлено на 5 итерациях для последовательностей длиной до 30 остатков, 4 для 60-мерных и 3 до максимальных 150 вводимых последовательностей остатков.

Рис. 4

Блок-схема, обобщающая алгоритм назначения масс-спектральных пиков, используемый калькулятором пептидов и калькулятором пептоидов.Остатки, отсутствующие в ожидаемой полной последовательности, называются «делециями», а любой другой атом или группа, вызывающая изменение молекулярной массы последовательности (включая аддукты металлов и не удаленные защитные группы), называется «модификацией». Какие делеции и модификации разрешены, зависит от остатков, присутствующих в последовательности (например, не удаленные защитные группы Pbf разрешены только для остатков Arg). Только последовательности, содержащие одно удаление и / или одну модификацию, рассматриваются на первой итерации (N = 1), увеличиваясь до двух на второй и т. Д.Максимально допустимое значение для N зависит от длины входной последовательности и устанавливается на 5 итераций для последовательностей длиной до 30 остатков включительно, от 4 до 60 остатков и от 3 до максимум 150 остатков

Расчет последовательности

β Склонность нитей

β -Профили смежности нитей для пептидов длиной более 9 остатков рассчитываются с использованием реализации простого алгоритма скользящих средних (SALSA), описанного Zibaee et al.[21]. Окно остатков размера 4 сканируется по входной последовательности, и каждый фрагмент в пределах окна оценивается по формуле. (3), где \ (P _ {\ alpha}, \, P _ {\ beta} \) и \ (P_ {t} \) — параметры вероятности вторичной структуры Чоу – Фасмана (для спирали α, , β -прядь и предпочтение обратного поворота соответственно) [22]. Этот процесс повторяется для всех размеров окна до 20 остатков или длины последовательности (в зависимости от того, какая из них достигается раньше), и для всех фрагментов с оценкой ниже 1.2 отброшены.

$$ фрагмент \; score = \ frac {\ sum P_ \ beta} {\ frac {1} {2} \ left (\ sum P _ {\ alpha} + \ sum P_ {t} \ right)} $$

(3)

β — Значения склонности к прядям затем вычисляются для каждого остатка в последовательности путем суммирования оценок всех оставшихся окон, которые содержат остаток. Эти окончательные значения затем наносят на график для получения профиля смежности β -цепи для пептида.Параметры Чоу – Фасмана доступны только для 20 канонических аминокислот и, следовательно, только они принимаются во внимание при вычислении значений склонности β -цепи.

Следует отметить, что склонность к β -цепям сама по себе не может указывать на вероятность агрегации или сложность последовательности. Кроме того, методы предсказания вторичной структуры ab initio, основанные только на параметрах вероятности, могут в некоторых случаях давать ложные предсказания или не предсказывать области данной вторичной структуры.SALSA была выбрана с учетом скорости, и по этой причине расчетный профиль предназначен только для использования в качестве ориентира.

Калькулятор пептидов

Просто введите или скопируйте и вставьте пептид или фрагмент белка , аминокислотную последовательность , включая модификации, спейсеры или специальные концы, и нажмите кнопку «Рассчитать».

Калькулятор молекулярной массы пептида будет отображать среднюю и моноизотопную массу молекулы, а также таблицу массы, разделенную на значения заряда, как в положительном, так и в отрицательном режимах сканирования, что полезно для масс-спектрометрического анализа.

Взгляните на следующие сообщения, чтобы продемонстрировать, на что способен калькулятор:

Руководство пользователя калькулятора свойств пептидов

Аминокислоты

Циклические пептиды

Разветвленные пептиды

Для быстрой выборки экрана вывода вы можете загрузить случайный пептид из списка пептидов, который аналитический инструмент рассчитал ранее. Обратите внимание: это быстро меняющийся проект в разработке; внешний вид, ощущения и функциональность могут и будут меняться.

Примеры последовательностей

Линейный пептид в однобуквенном коде: KYICNSSCM

Линейный пептид в трехбуквенном коде: Arg-Gly-Asp-Cys

Циклический пептид от головы к хвосту: цикло (GRGDSP)

Пептид с двумя дисульфидными мостиками: [Cys2-Cys10, Cys4-Cys8] ACDCRGDCFCG

Пептид с биотином на N-конце: Биотин-YGRKKRRQRRR

Пептид с дисульфидным мостиком (1-6), блокированный на C-конце (амид): Cyclic CYFQNCPRG-Nh3

Пептид с изотопно меченными валином и изолейцином:
DR [13C5,15N1] VY [13C6,15N1] IHPFHL

Пептид с фосфосерином: Арг-Арг-Ала-Сер (PO3) -Про-Вал-Ала

Также на этом сайте

Попробуйте инструмент разделения последовательностей для фрагментирования последовательностей белков и пептидов с возможным перекрытием.

Используйте инструмент скремблера для случайного перемешивания пептидных или белковых последовательностей.

PeptideMass


PeptideMass [ссылки] расщепляет последовательность белка из базы знаний UniProt (Swiss-Prot и TrEMBL) или , введенная пользователем последовательность белка с выбранным ферментом, и вычисляет массы генерированные пептиды. Инструмент также возвращает теоретическую изоэлектрическую точку и значения массы для представляющий интерес белок.При желании PeptideMass может вернуть массу пептидов. известно, что они несут посттрансляционные модификации и могут выделять пептиды на массы которых могут влиять конфликты баз данных, полиморфизмы или варианты сплайсинга.

Инструкции доступны.

Введите белок UniProtKB идентификатор, ID (например, ALBU_HUMAN) или номер доступа, AC (например, P04406), или аминокислотная последовательность (например, «SELVEGVIV»; вы можете указать пост-трансляционные модификации, но ПОЖАЛУЙСТА, сначала прочтите этот документ!):

поля.расщепление белка.

Пептидные массы равны
с цистеинами, обработанными: ничего (в сокращенном виде) Йодуксусная кислота Йодацетамид 4-винил пириден
с аддуктами акриламида
с окисленными метионинами
[M + H] + или [M] или [M-H] или [M + 2H] 2+ или [M + 3H] 3+
в среднем или моноизотопный.
Выберите фермент: Трипсин Трипсин (от C-члена до K / R, даже перед P) Трипсин (с более высокой специфичностью) Трипсин / CNBrLys CLys NCNBrArg CAsp NAsp N + N-концевой GluAsp N / Lys CAsp N + N-концевой Glu / Lys CAsp N / Glu C ( бикарбонат) Glu C (бикарбонат) Glu C (фосфат) Glu C (фосфат) + Lys CM Гидролиз муравьиной кислоты с помощью микроволнового излучения (от C-члена до D) Химотрипсин (от C-члена до F / Y / W / M / L, не ранее P) Химотрипсин (C-термин для F / Y / W, не раньше P) Трипсин / Химотрипсин (C-термин для K / R / F / Y / W, не раньше P) Пепсин (pH 1.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *